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万見
- PDB-2qn6: Structure of an archaeal heterotrimeric initiation factor 2 revea... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qn6
タイトルStructure of an archaeal heterotrimeric initiation factor 2 reveals a nucleotide state between the GTP and the GDP states
要素(Translation initiation factor 2 ...Initiation factor) x 3
キーワードTRANSLATION (翻訳 (生物学)) / initiation of translation / GTP-binding / Initiation factor / Nucleotide-binding / Protein biosynthesis (タンパク質生合成) / RNA-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-synthesizing GTPase / formation of translation preinitiation complex / formation of cytoplasmic translation initiation complex / translation elongation factor activity / translational initiation / translation initiation factor binding / translation initiation factor activity / ribosome binding / tRNA binding / GTPase activity ...protein-synthesizing GTPase / formation of translation preinitiation complex / formation of cytoplasmic translation initiation complex / translation elongation factor activity / translational initiation / translation initiation factor binding / translation initiation factor activity / ribosome binding / tRNA binding / GTPase activity / mRNA binding / GTP binding / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
EIF_2_alpha / Translation initiation factor 2, alpha subunit, archaeal / Translation initiation factor 2, beta subunit / Translation initiation factor 2, gamma subunit / Translation initiation factor IF2/IF5 / Translation initiation factor IF2/IF5 domain / Translation initiation factor IF2/IF5, N-terminal / Translation initiation factor IF2/IF5, zinc-binding / Domain found in IF2B/IF5 / domain present in translation initiation factor eIF2B and eIF5 ...EIF_2_alpha / Translation initiation factor 2, alpha subunit, archaeal / Translation initiation factor 2, beta subunit / Translation initiation factor 2, gamma subunit / Translation initiation factor IF2/IF5 / Translation initiation factor IF2/IF5 domain / Translation initiation factor IF2/IF5, N-terminal / Translation initiation factor IF2/IF5, zinc-binding / Domain found in IF2B/IF5 / domain present in translation initiation factor eIF2B and eIF5 / IF2a, S1-like domain / Translation initiation factor 2, alpha subunit / Translation initiation factor 2, alpha subunit, middle domain superfamily / Translation initiation factor 2, alpha subunit, C-terminal / Eukaryotic translation initiation factor 2 alpha subunit / Initiation factor eIF2 gamma, domain 2 / Initiation factor eIF2 gamma, GTP-binding domain / Initiation factor eIF2 gamma, C-terminal / Initiation factor eIF2 gamma, C terminal / Translation elongation factor EF1A/initiation factor IF2gamma, C-terminal / Translation factors / S1 domain profile. / Elongation factor Tu domain 2 / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain / S1 RNA binding domain / S1 domain / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Translational (tr)-type GTP-binding domain / Elongation factor Tu GTP binding domain / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Small GTP-binding protein domain / Translation protein, beta-barrel domain superfamily / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Alpha-Beta Plaits / Nucleic acid-binding, OB-fold / Βバレル / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ロスマンフォールド / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Translation initiation factor 2 subunit beta / Translation initiation factor 2 subunit alpha / Translation initiation factor 2 subunit gamma
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus solfataricus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Mechulam, Y. / Yatime, L. / Blanquet, S. / Schmitt, E.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2007
タイトル: Structure of an archaeal heterotrimeric initiation factor 2 reveals a nucleotide state between the GTP and the GDP states.
著者: Yatime, L. / Mechulam, Y. / Blanquet, S. / Schmitt, E.
履歴
登録2007年7月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Translation initiation factor 2 gamma subunit
B: Translation initiation factor 2 alpha subunit
C: Translation initiation factor 2 beta subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,8165
ポリマ－58,3493
非ポリマー4682
水4,558253
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4138.9 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)122.119, 51.851, 98.032
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.42, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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Translation initiation factor 2 ... , 3種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Translation initiation factor 2 gamma subunit / eIF-2-gamma / aIF2- gamma


分子量: 45718.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 株: P2 / 遺伝子: eif2g / プラスミド: pET3alpa / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta-De3 / 参照: UniProt: Q980A5
#2: タンパク質 Translation initiation factor 2 alpha subunit / eIF-2-alpha / aIF2- alpha


分子量: 10440.162 Da / 分子数: 1 / Fragment: domain 3, res 175 to 265 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 株: P2 / 遺伝子: eif2a / プラスミド: pET3alpa / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta-De3 / 参照: UniProt: Q97Z79
#3: タンパク質・ペプチド Translation initiation factor 2 beta subunit / eIF-2-beta / aIF2-beta


分子量: 2190.494 Da / 分子数: 1 / Fragment: helix 1, res 2 to 19 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 株: P2 / 遺伝子: eif2b / プラスミド: pET3alpa / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta-De3 / 参照: UniProt: Q97W59

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非ポリマー , 3種, 255分子

#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP / グアノシン二リン酸


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 253 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.72 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 16 % PEG 3350; 0.1 M Magnesium formate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年9月6日
放射モノクロメーター: DIAMOND / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→100 Å / Num. all: 31835 / Num. obs: 31835 / % possible obs: 95.3 % / 冗長度: 2.3 % / Biso Wilson estimate: 39.6 Å2 / Rsym value: 0.052 / Net I/σ(I): 7.4
反射 シェル解像度: 2.15→2.27 Å / 冗長度: 1.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 4678 / Rsym value: 0.32 / % possible all: 96.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
CNS1.1精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: chain A from 2aho

2aho


解像度: 2.15→100 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.264 1574 -random
Rwork0.217 ---
all0.217 33610 --
obs-26609 79.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 46 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.075 Å20 Å2-1.925 Å2
2---13.015 Å20 Å2
3---15.091 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→100 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3895 0 29 253 4177
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0067
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.337
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.17 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.355 32
Rwork0.3401 -
obs-590

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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