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- PDB-2q9x: Crystal structure of highly stable mutant Q40P/S47I/H93G of human... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2q9x
タイトルCrystal structure of highly stable mutant Q40P/S47I/H93G of human fibroblast growth factor-1
要素Heparin-binding growth factor 1
キーワードHORMONE (ホルモン) / FGF-1 / growth factor (成長因子) / beta trefoil / enhanced stability
機能・相同性
機能・相同性情報


mesonephric epithelium development / branch elongation involved in ureteric bud branching / regulation of endothelial tube morphogenesis / FGFR3b ligand binding and activation / regulation of endothelial cell chemotaxis to fibroblast growth factor / Signaling by activated point mutants of FGFR3 / FGFR3c ligand binding and activation / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR3 / FGFR2b ligand binding and activation / positive regulation of cholesterol biosynthetic process ...mesonephric epithelium development / branch elongation involved in ureteric bud branching / regulation of endothelial tube morphogenesis / FGFR3b ligand binding and activation / regulation of endothelial cell chemotaxis to fibroblast growth factor / Signaling by activated point mutants of FGFR3 / FGFR3c ligand binding and activation / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR3 / FGFR2b ligand binding and activation / positive regulation of cholesterol biosynthetic process / fibroblast growth factor receptor binding / FGFR2c ligand binding and activation / Activated point mutants of FGFR2 / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR2 / FGFR4 ligand binding and activation / FGFR1b ligand binding and activation / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR4 / Signaling by activated point mutants of FGFR1 / FGFR1c ligand binding and activation / organ induction / Downstream signaling of activated FGFR1 / Phospholipase C-mediated cascade: FGFR1 / positive regulation of hepatocyte proliferation / S100 protein binding / positive regulation of intracellular signal transduction / Signaling by FGFR2 IIIa TM / PI-3K cascade:FGFR3 / positive regulation of sprouting angiogenesis / PI-3K cascade:FGFR2 / PI-3K cascade:FGFR4 / PI-3K cascade:FGFR1 / positive regulation of cell division / PI3K Cascade / anatomical structure morphogenesis / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / SHC-mediated cascade:FGFR3 / SHC-mediated cascade:FGFR2 / SHC-mediated cascade:FGFR4 / SHC-mediated cascade:FGFR1 / FRS-mediated FGFR3 signaling / FRS-mediated FGFR2 signaling / FRS-mediated FGFR4 signaling / Signaling by FGFR3 in disease / FRS-mediated FGFR1 signaling / Hsp70 protein binding / Signaling by FGFR2 in disease / Signaling by FGFR1 in disease / activation of protein kinase B activity / positive regulation of endothelial cell migration / 細胞外マトリックス / epithelial cell proliferation / positive regulation of epithelial cell proliferation / Negative regulation of FGFR3 signaling / Negative regulation of FGFR2 signaling / Negative regulation of FGFR4 signaling / Negative regulation of FGFR1 signaling / animal organ morphogenesis / growth factor activity / positive regulation of MAP kinase activity / lung development / wound healing / positive regulation of angiogenesis / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / integrin binding / PIP3 activates AKT signaling / heparin binding / cellular response to heat / 細胞皮質 / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / RAF/MAP kinase cascade / 血管新生 / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / 細胞分化 / positive regulation of cell migration / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / シグナル伝達 / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region / 核質 / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
HBGF/FGF family signature. / Fibroblast growth factor family / 線維芽細胞増殖因子 / Acidic and basic fibroblast growth factor family. / Cytokine IL1/FGF / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Fibroblast growth factor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Szlachcic, A. / Zakrzewska, M. / Krowarsch, D. / Os, V. / Helland, R. / Otlewski, J.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of highly stable mutant Q40P/S47I/H93G of human fibroblast growth factor-1
著者: Szlachcic, A. / Zakrzewska, M. / Krowarsch, D. / Os, V. / Helland, R. / Otlewski, J.
履歴
登録2007年6月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Heparin-binding growth factor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,8642
ポリマ－15,7721
非ポリマー921
水1,928107
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)34.610, 57.599, 57.716
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細BIOLOGICAL ASSEMBLY IS A MONOMER

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要素

#1: タンパク質 Heparin-binding growth factor 1 / HBGF-1 / Acidic fibroblast growth factor / aFGF / Beta-endothelial cell growth factor / ECGF- beta


分子量: 15771.837 Da / 分子数: 1 / 変異: Q40P, S47I, H93G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FGF1, FGFA / プラスミド: pET3c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P05230
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.52 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 15% PEG 8000, 100mM TrisHCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.8698 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2006年9月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8698 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→34.61 Å / Num. all: 15833 / Num. obs: 13265 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 11.93 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Rsym value: 0.097 / Net I/σ(I): 5.2
反射 シェル解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.356 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. measured all: 7487 / Num. unique all: 1866 / Rsym value: 0.356 / % possible all: 100

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位相決定

Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation1.8 Å29.68 Å
Translation1.8 Å29.68 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
MAR345dtbデータ収集
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1RG8

1rg8


解像度: 1.7→34.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / SU B: 2.572 / SU ML: 0.086 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.134 / ESU R Free: 0.126 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.245 651 4.9 %RANDOM
Rwork0.207 ---
all0.208 15833 --
obs0.209 13212 99.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 10.686 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.13 Å20 Å20 Å2
2---0.04 Å20 Å2
3----0.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→34.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1007 0 6 107 1120
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0221033
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5331.9761393
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4215126
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.93824.16748
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.67115180
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.545156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1120.2149
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02780
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2090.2452
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3070.2665
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1260.296
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1570.236
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2160.29
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9591.5651
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.49821009
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2163439
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.1914.5384
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.366 43 -
Rwork0.259 906 -
obs-949 100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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