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万見
- PDB-2q1j: The discovery of glycine and related amino acid-based factor xa i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2q1j
タイトルThe discovery of glycine and related amino acid-based factor xa inhibitors
要素
  • Activated factor Xa heavy chain (EC 3.4.21.6)
  • Factor X light chain (EC 3.4.21.6)
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / COAGULATION FXA / Blood coagulation (凝固・線溶系) / Calcium (カルシウム) / Cleavage on pair of basic residues / EGF-like domain (EGF様ドメイン) / Gamma-carboxyglutamic acid (Γ-カルボキシグルタミン酸) / Glycoprotein (糖タンパク質) / Hydroxylation (ヒドロキシル化) / Polymorphism / Protease (プロテアーゼ) / Serine protease (セリンプロテアーゼ) / Zymogen (酵素前駆体)
機能・相同性
機能・相同性情報


第X因子 / Defective factor IX causes thrombophilia / Defective cofactor function of FVIIIa variant / Defective F9 variant does not activate FX / Extrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / positive regulation of leukocyte chemotaxis / positive regulation of TOR signaling / Gamma-carboxylation of protein precursors / Transport of gamma-carboxylated protein precursors from the endoplasmic reticulum to the Golgi apparatus / Common Pathway of Fibrin Clot Formation ...第X因子 / Defective factor IX causes thrombophilia / Defective cofactor function of FVIIIa variant / Defective F9 variant does not activate FX / Extrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / positive regulation of leukocyte chemotaxis / positive regulation of TOR signaling / Gamma-carboxylation of protein precursors / Transport of gamma-carboxylated protein precursors from the endoplasmic reticulum to the Golgi apparatus / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / Removal of aminoterminal propeptides from gamma-carboxylated proteins / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / phospholipid binding / Golgi lumen / 凝固・線溶系 / positive regulation of cell migration / external side of plasma membrane / 小胞体 / serine-type endopeptidase activity / calcium ion binding / タンパク質分解 / extracellular space / extracellular region / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Peptidase S1A, coagulation factor VII/IX/X/C/Z / Coagulation factor-like, Gla domain superfamily / Coagulation Factor Xa inhibitory site / ラミニン / ラミニン / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF様ドメイン / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. ...Peptidase S1A, coagulation factor VII/IX/X/C/Z / Coagulation factor-like, Gla domain superfamily / Coagulation Factor Xa inhibitory site / ラミニン / ラミニン / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF様ドメイン / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Vitamin K-dependent carboxylation/gamma-carboxyglutamic (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain superfamily / Vitamin K-dependent carboxylation domain. / Gla domain profile. / Domain containing Gla (gamma-carboxyglutamate) residues. / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain signature 1. / EGF様ドメイン / リボン / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / トリプシン / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Βバレル / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-FXI / 第X因子
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Kohrt, J.T. / Filipski, K.J. / Cody, W.L. / Bigge, C.F. / Zhang, E. / Finzel, B.C.
引用ジャーナル: BIOORG.MED.CHEM. / 年: 2006
タイトル: The Discovery of Glycine and Related Amino Acid-Based Factor Xa Inhibitors
著者: Kohrt, J.T. / Filipski, K.J. / Cody, W.L. / Bigge, C.F. / La, F. / Welch, K. / Dahring, T. / Bryant, J.W. / Leonard, D. / Bolton, G. / Narasimhan, L. / Zhang, E. / Peterson, J.T. / Haarer, S. ...著者: Kohrt, J.T. / Filipski, K.J. / Cody, W.L. / Bigge, C.F. / La, F. / Welch, K. / Dahring, T. / Bryant, J.W. / Leonard, D. / Bolton, G. / Narasimhan, L. / Zhang, E. / Peterson, J.T. / Haarer, S. / Sahasrabudhe, V. / Janiczek, N. / Desiraju, S. / Hena, M. / Fiakpui, C. / Saraswat, N. / Sharma, R. / Sun, S. / Maiti, S.N. / Leadley, R. / Edmunds, J.J.
履歴
登録2007年5月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Activated factor Xa heavy chain (EC 3.4.21.6)
B: Factor X light chain (EC 3.4.21.6)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,5054
ポリマ－31,9072
非ポリマー5982
水1,78399
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1724 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.896, 72.741, 78.335
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Activated factor Xa heavy chain (EC 3.4.21.6)


分子量: 26447.104 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P00742, 第X因子
#2: タンパク質 Factor X light chain (EC 3.4.21.6)


分子量: 5460.055 Da / 分子数: 1 / Fragment: Residues 128-178 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P00742, 第X因子
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-FXI / 1-(butyl{[(4-chlorophenyl)amino]carbonyl}amino)-N-[3-fluoro-2'-(methylsulfonyl)biphenyl-4-yl]cyclopropanecarboxamide


分子量: 558.064 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H29ClFN3O4S
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.58 %
結晶化pH: 5.9
詳細: 25% PEG 600, 0.3 M NACL, 0.1 M MES, PH 5.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 294K, pH 5.90

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年11月23日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 24023 / % possible obs: 0.9 % / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.185

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解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.9→50 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.272 2329 8.9 %RANDOM
Rwork0.23 ---
obs0.23 23552 89.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 29.934 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.033 Å20 Å20 Å2
2--0.009 Å20 Å2
3---0.024 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2229 0 39 99 2367
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal targetWeight
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.29
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.5781.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.12
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.492
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.1952.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2lig.param
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION4ion.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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