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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2q13 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of BAR-PH domain of APPL1 | ||||||
要素 | DCC-interacting protein 13 alpha | ||||||
キーワード | PROTEIN TRANSPORT / APPL1 / BAR domain / PH domain / BAR-PH domain | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of Fc-gamma receptor signaling pathway involved in phagocytosis / positive regulation of macropinocytosis / adiponectin-activated signaling pathway / マクロピノソーム / regulation of fibroblast migration / regulation of glucose import / maintenance of synapse structure / protein kinase B binding / signaling / positive regulation of melanin biosynthetic process ...negative regulation of Fc-gamma receptor signaling pathway involved in phagocytosis / positive regulation of macropinocytosis / adiponectin-activated signaling pathway / マクロピノソーム / regulation of fibroblast migration / regulation of glucose import / maintenance of synapse structure / protein kinase B binding / signaling / positive regulation of melanin biosynthetic process / regulation of toll-like receptor 4 signaling pathway / vesicle membrane / early phagosome / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / Caspase activation via Dependence Receptors in the absence of ligand / cellular response to hepatocyte growth factor stimulus / intracellular vesicle / phosphatidylserine binding / regulation of innate immune response / beta-tubulin binding / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / regulation of protein localization to plasma membrane / ruffle / phosphatidylinositol binding / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / positive regulation of glucose import / protein import into nucleus / presynapse / insulin receptor signaling pathway / cytoplasmic vesicle / early endosome membrane / postsynapse / エンドソーム / endosome membrane / エンドソーム / 細胞周期 / glutamatergic synapse / protein-containing complex binding / シグナル伝達 / protein homodimerization activity / extracellular exosome / 生体膜 / identical protein binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.05 Å | ||||||
データ登録者 | Zhu, G. / Zhang, X.C. | ||||||
引用 | ジャーナル: Embo J. / 年: 2007 タイトル: Structure of the APPL1 BAR-PH domain and characterization of its interaction with Rab5. 著者: Zhu, G. / Chen, J. / Liu, J. / Brunzelle, J.S. / Huang, B. / Wakeham, N. / Terzyan, S. / Li, X. / Rao, Z. / Li, G. / Zhang, X.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2q13.cif.gz | 88.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2q13.ent.gz | 66.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2q13.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q1/2q13 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q1/2q13 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological dimer is generated by asymmetric unit and opration: -x+1, -y, z |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44169.609 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 5-385, BAR and PH domains / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: APPL1, APPL, DIP13A, KIAA1428 / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q9UKG1 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.54 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 6% PEG6000, 0.6M NaCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月16日 |
放射 | モノクロメーター: Rosenbaum-Rock double-crystal monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.05→50 Å / Num. all: 23286 / Num. obs: 23286 / % possible obs: 89.9 % / Observed criterion σ(F): -6 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 38.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 16.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.05→2.12 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.432 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 1989 / % possible all: 78 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.05→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / SU B: 9.849 / SU ML: 0.139 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.251 / ESU R Free: 0.217 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 45.594 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.05→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.052→2.105 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 40.8878 Å / Origin y: -0.0215 Å / Origin z: 2.249 Å
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