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万見
- PDB-2pzf: Minimal human CFTR first nucleotide binding domain as a head-to-t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pzf
タイトルMinimal human CFTR first nucleotide binding domain as a head-to-tail dimer with delta F508
要素Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator嚢胞性線維症膜コンダクタンス制御因子
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / NBD / ABC transporter / CFTR (嚢胞性線維症膜コンダクタンス制御因子) / F508
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of voltage-gated chloride channel activity / positive regulation of cyclic nucleotide-gated ion channel activity / Sec61 translocon complex binding / channel-conductance-controlling ATPase / intracellularly ATP-gated chloride channel activity / positive regulation of enamel mineralization / transepithelial water transport / RHO GTPases regulate CFTR trafficking / intracellular pH elevation / ATPase-coupled inorganic anion transmembrane transporter activity ...positive regulation of voltage-gated chloride channel activity / positive regulation of cyclic nucleotide-gated ion channel activity / Sec61 translocon complex binding / channel-conductance-controlling ATPase / intracellularly ATP-gated chloride channel activity / positive regulation of enamel mineralization / transepithelial water transport / RHO GTPases regulate CFTR trafficking / intracellular pH elevation / ATPase-coupled inorganic anion transmembrane transporter activity / amelogenesis / chloride channel inhibitor activity / Golgi-associated vesicle membrane / multicellular organismal-level water homeostasis / vesicle docking involved in exocytosis / membrane hyperpolarization / cholesterol transport / bicarbonate transport / bicarbonate transmembrane transporter activity / chloride channel regulator activity / chloride transmembrane transporter activity / 受精能獲得 / chloride channel activity / cholesterol biosynthetic process / RHOQ GTPase cycle / positive regulation of exocytosis / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / chloride channel complex / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / ABC-type transporter activity / cellular response to cAMP / cellular response to forskolin / isomerase activity / chloride transmembrane transport / response to endoplasmic reticulum stress / establishment of localization in cell / PDZ domain binding / Defective CFTR causes cystic fibrosis / Late endosomal microautophagy / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / ABC-family proteins mediated transport / transmembrane transport / recycling endosome / Aggrephagy / Chaperone Mediated Autophagy / recycling endosome membrane / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / protein-folding chaperone binding / early endosome membrane / エンドソーム / endosome membrane / Ub-specific processing proteases / apical plasma membrane / lysosomal membrane / endoplasmic reticulum membrane / enzyme binding / 細胞膜 / ATP hydrolysis activity / protein-containing complex / ATP binding / 生体膜 / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
: / CFTR regulator domain / Cystic fibrosis TM conductance regulator (CFTR), regulator domain / 嚢胞性線維症膜コンダクタンス制御因子 / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. ...: / CFTR regulator domain / Cystic fibrosis TM conductance regulator (CFTR), regulator domain / 嚢胞性線維症膜コンダクタンス制御因子 / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / 嚢胞性線維症膜コンダクタンス制御因子
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Atwell, S. / Conners, K. / Emtage, S. / Gheyi, T. / Glenn, N.R. / Hendle, J. / Lewis, H.A. / Lu, F. / Rodgers, L.A. / Romero, R. ...Atwell, S. / Conners, K. / Emtage, S. / Gheyi, T. / Glenn, N.R. / Hendle, J. / Lewis, H.A. / Lu, F. / Rodgers, L.A. / Romero, R. / Sauder, J.M. / Smith, D. / Tien, H. / Wasserman, S.R. / Zhao, X.
引用
ジャーナル: Protein Eng.Des.Sel. / 年: 2010
タイトル: Structures of a minimal human CFTR first nucleotide-binding domain as a monomer, head-to-tail homodimer, and pathogenic mutant.
著者: Atwell, S. / Brouillette, C.G. / Conners, K. / Emtage, S. / Gheyi, T. / Guggino, W.B. / Hendle, J. / Hunt, J.F. / Lewis, H.A. / Lu, F. / Protasevich, I.I. / Rodgers, L.A. / Romero, R. / ...著者: Atwell, S. / Brouillette, C.G. / Conners, K. / Emtage, S. / Gheyi, T. / Guggino, W.B. / Hendle, J. / Hunt, J.F. / Lewis, H.A. / Lu, F. / Protasevich, I.I. / Rodgers, L.A. / Romero, R. / Wasserman, S.R. / Weber, P.C. / Wetmore, D. / Zhang, F.F. / Zhao, X.
#1: ジャーナル: Pediatr.Pulmonol.Suppl. / 年: 2007
タイトル: Structure of the human CFTR NBD1 domain as a homodimer: insights and applications
著者: Atwell, S. / Conners, K. / Emtage, S. / Gheyi, T. / Lewis, H. / Lu, F. / Romero, R. / Zhao, X.
履歴
登録2007年5月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.22017年6月14日Group: Database references / Refinement description ...Database references / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_name_com ...entity / entity_name_com / entity_src_gen / software / struct_ref_seq_dif
Item: _entity.pdbx_ec / _entity.pdbx_fragment ..._entity.pdbx_ec / _entity.pdbx_fragment / _entity_name_com.name / _software.name / _struct_ref_seq_dif.align_id / _struct_ref_seq_dif.db_mon_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_ref_seq_dif.mon_id / _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num / _struct_ref_seq_dif.seq_num
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42018年11月14日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.52023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator
B: Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,8196
ポリマ－50,7562
非ポリマー1,0634
水2,342130
1
A: Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9103
ポリマ－25,3781
非ポリマー5312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9103
ポリマ－25,3781
非ポリマー5312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4200 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area18650 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)43.152, 92.662, 106.471
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator / 嚢胞性線維症膜コンダクタンス制御因子 / CFTR / ATP-binding cassette sub-family C member 7 / Channel conductance-controlling ATPase / cAMP- ...CFTR / ATP-binding cassette sub-family C member 7 / Channel conductance-controlling ATPase / cAMP-dependent chloride channel


分子量: 25378.232 Da / 分子数: 2 / 断片: CFTR NBD1 387-646 / 変異: del405-436, delF508 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CFTR, ABCC7 / プラスミド: modified pET26b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) codon+RIL / 参照: UniProt: P13569, EC: 3.6.3.49
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / アデノシン三リン酸


分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.33 %
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5
詳細: Protein: 9.5mg/ml NBD1, 0.15M NaCl, 0.01M methionine, 0.01M HEPES pH 7.5, 10% glycerol, 0.001M TCEP, 0.002M ATP; Well: 0.1M Tris pH 8.5, 35% PEG 4K, 0.2M NaAcetate; Cryo: 25% DMSO, vapor ...詳細: Protein: 9.5mg/ml NBD1, 0.15M NaCl, 0.01M methionine, 0.01M HEPES pH 7.5, 10% glycerol, 0.001M TCEP, 0.002M ATP; Well: 0.1M Tris pH 8.5, 35% PEG 4K, 0.2M NaAcetate; Cryo: 25% DMSO, vapor diffusion, temperature 281K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9797 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月18日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9797 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→25.583 Å / Num. all: 29245 / Num. obs: 29245 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 28.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.127 / Rsym value: 0.127 / Net I/σ(I): 4.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2-2.116.30.7860.92578541120.78696.9
2.11-2.246.30.5441.32452338890.54496.9
2.24-2.396.20.3681.72328737410.36898.1
2.39-2.586.40.2632.82230034900.26398.7
2.58-2.836.50.1853.82131632670.18599.8
2.83-3.166.90.13452048829890.134100
3.16-3.6570.10261864926510.102100
3.65-4.4770.0896.71581122720.089100
4.47-6.326.80.086.71225218010.08100
6.32-25.586.20.0657.8637110330.06597.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALAデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
MAR345データ収集
MOSFLMデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2PZE

2pze


解像度: 2→25.118 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2512 1493 -RANDOM
Rwork0.2107 ---
all0.213 29187 --
obs0.213 29187 98.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: Mask bulk solvent correction
原子変位パラメータBiso mean: 29.015 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.913 Å20 Å20 Å2
2--0.587 Å20 Å2
3----1.499 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→25.118 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3254 0 64 130 3448
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d1.326
X-RAY DIFFRACTIONr_planar_tor5.626
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.083
X-RAY DIFFRACTIONr_plane_restr0.005
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.081
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.927
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.693
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.827

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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