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万見
- PDB-2pr9: Mu2 adaptin subunit (AP50) of AP2 adaptor (second domain), comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pr9
タイトルMu2 adaptin subunit (AP50) of AP2 adaptor (second domain), complexed with GABAA receptor-gamma2 subunit-derived internalization peptide DEEYGYECL
要素
  • AP-2 complex subunit mu-1
  • GABA(A) receptor subunit gamma-2 peptide
キーワードENDOCYTOSIS (エンドサイトーシス) / adaptor / internalization peptide complex / inhibitory neurotransmitter receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


GABA receptor activation / chemical synaptic transmission, postsynaptic / Gap junction degradation / Formation of annular gap junctions / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / LDL clearance / VLDLR internalisation and degradation / Retrograde neurotrophin signalling / WNT5A-dependent internalization of FZD4 / extrinsic component of presynaptic endocytic zone membrane ...GABA receptor activation / chemical synaptic transmission, postsynaptic / Gap junction degradation / Formation of annular gap junctions / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / LDL clearance / VLDLR internalisation and degradation / Retrograde neurotrophin signalling / WNT5A-dependent internalization of FZD4 / extrinsic component of presynaptic endocytic zone membrane / MHC class II antigen presentation / inhibitory synapse / AP-2 adaptor complex / regulation of vesicle size / postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / GABA receptor complex / inhibitory extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / benzodiazepine receptor activity / Recycling pathway of L1 / cellular response to histamine / GABA-gated chloride ion channel activity / GABA-A receptor activity / GABA-A receptor complex / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / positive regulation of synaptic vesicle endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / clathrin adaptor activity / inhibitory synapse assembly / vesicle budding from membrane / clathrin-dependent endocytosis / signal sequence binding / synaptic transmission, GABAergic / gamma-aminobutyric acid signaling pathway / postsynaptic specialization membrane / negative regulation of protein localization to plasma membrane / chloride transport / adult behavior / low-density lipoprotein particle receptor binding / chloride channel activity / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / chloride channel complex / positive regulation of receptor internalization / synaptic vesicle endocytosis / transmembrane transporter complex / GABA-ergic synapse / regulation of postsynaptic membrane potential / クラスリン / monoatomic ion transmembrane transport / chloride transmembrane transport / dendrite membrane / post-embryonic development / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / intracellular protein transport / cytoplasmic vesicle membrane / receptor internalization / terminal bouton / disordered domain specific binding / cytoplasmic vesicle / postsynapse / chemical synaptic transmission / protein-containing complex assembly / transmembrane transporter binding / neuron projection / 神経繊維 / glutamatergic synapse / lipid binding / シナプス / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Mu homology domain, subdomain B / Mu2, C-terminal domain / AP-2 complex subunit mu, N-terminal / Gamma-aminobutyric-acid A receptor, gamma 2 subunit / Gamma-aminobutyric acid receptor subunit gamma-1/4 / Clathrin adaptor complexes medium chain signature 1. / Clathrin adaptor, mu subunit / Clathrin adaptor, mu subunit, conserved site / Clathrin adaptor complexes medium chain signature 2. / Adaptor complexes medium subunit family ...Mu homology domain, subdomain B / Mu2, C-terminal domain / AP-2 complex subunit mu, N-terminal / Gamma-aminobutyric-acid A receptor, gamma 2 subunit / Gamma-aminobutyric acid receptor subunit gamma-1/4 / Clathrin adaptor complexes medium chain signature 1. / Clathrin adaptor, mu subunit / Clathrin adaptor, mu subunit, conserved site / Clathrin adaptor complexes medium chain signature 2. / Adaptor complexes medium subunit family / AP complex, mu/sigma subunit / Clathrin adaptor complex small chain / AP-2 complex subunit mu, C-terminal superfamily / Mu homology domain / Mu homology domain (MHD) profile. / Longin-like domain superfamily / Gamma-aminobutyric acid A receptor/Glycine receptor alpha / Neurotransmitter-gated ion-channel, conserved site / Neurotransmitter-gated ion-channels signature. / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain superfamily / Neuronal acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Gamma-aminobutyric acid receptor subunit gamma-2 / AP-2 complex subunit mu
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.51 Å
データ登録者Vahedi-Faridi, A. / Haucke, V. / Kittler, J.T. / Kukhtina, V. / Moss, S.J. / Saenger, W. / Chen, G.-J. / Tretter, V. / Smith, K. / Yan, Z. ...Vahedi-Faridi, A. / Haucke, V. / Kittler, J.T. / Kukhtina, V. / Moss, S.J. / Saenger, W. / Chen, G.-J. / Tretter, V. / Smith, K. / Yan, Z. / McAinsh, K. / Arancibia-Carcamo, L.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2008
タイトル: Regulation of synaptic inhibition by phospho-dependent binding of the AP2 complex to a YECL motif in the GABAA receptor gamma2 subunit.
著者: Kittler, J.T. / Chen, G. / Kukhtina, V. / Vahedi-Faridi, A. / Gu, Z. / Tretter, V. / Smith, K.R. / McAinsh, K. / Arancibia-Carcamo, I.L. / Saenger, W. / Haucke, V. / Yan, Z. / Moss, S.J.
履歴
登録2007年5月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
Remark 300BIOMOLECULE THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAIN(S). ...BIOMOLECULE THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAIN(S). AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL MOLECULE FOR THE PROTEIN IS UNKNOWN.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AP-2 complex subunit mu-1
P: GABA(A) receptor subunit gamma-2 peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,3362
ポリマ－35,3362
非ポリマー00
水1,06359
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1060 Å2
ΔGint-5.2 kcal/mol
Surface area14880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)126.300, 126.300, 74.650
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number172
Space group name H-MP64

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要素

#1: タンパク質 AP-2 complex subunit mu-1


分子量: 34100.840 Da / 分子数: 1 / 断片: second domain (residues 158-435) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Ap2m1 / プラスミド: pET-28a(+) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P84092
#2: タンパク質・ペプチド GABA(A) receptor subunit gamma-2 peptide


分子量: 1235.232 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: The peptide was chemically synthesized. This sequence occurs naturally in mouse and rat.
参照: UniProt: P18508
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 59 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.7 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 2.0 M sodium formate, 0.1 M Na-acetate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.95373
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月29日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95373 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 22817 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 66.389 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 20.14
反射 シェル解像度: 2.5→2.75 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.659 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique all: 3053 / % possible all: 68.9

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位相決定

Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation3.18 Å9.97 Å
Translation3.18 Å9.97 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1BW8

1bw8


解像度: 2.51→9.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 15.237 / SU ML: 0.16 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.209 / ESU R Free: 0.193 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24 913 4 %RANDOM
Rwork0.203 ---
obs0.204 22817 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 52.027 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.98 Å2-0.49 Å20 Å2
2---0.98 Å20 Å2
3---1.46 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.51→9.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2115 0 0 59 2174
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0360.0222157
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.6411.9812905
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.4335260
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.85823.22290
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.16915409
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.5131517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1930.2321
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.021585
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2410.2815
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3260.21431
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1720.290
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1240.223
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3470.211
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4221.51370
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.26422143
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.6173934
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.3734.5762
LS精密化 シェル解像度: 2.512→2.573 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.455 63 -
Rwork0.431 1504 -
obs-1567 100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.48291.2208-2.55231.8875-0.03522.1263-0.28310.0438-0.5692-0.16670.0883-0.20080.2371-0.1060.1949-0.04710.0397-0.0645-0.11440.0668-0.1159-43.838240.619925.3328
241.338-12.4676-16.44330.32722.762521.4441-1.4882-3.13160.63072.80121.19680.8733-0.2527-0.75720.29140.0735-0.0263-0.01160.0299-0.06180.0273-32.244550.928527.7458
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11AA159 - 21923 - 83
21AA238 - 255102 - 119
31AA261 - 435125 - 299
42PB1 - 101 - 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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