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万見
- PDB-2pmd: The structures of aIF2gamma subunit from the archaeon Sulfolobus ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pmd
タイトルThe structures of aIF2gamma subunit from the archaeon Sulfolobus solfataricus in the GDP-bound form.
要素Translation initiation factor 2 gamma subunit
キーワードTRANSLATION (翻訳 (生物学)) / aIF2 / Initiation factor 2 gamma subunit / Initiation of the translation / nucleotide binding (ヌクレオチド) / GDPNP / GDP / pyrophosphate (ピロリン酸塩)
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-synthesizing GTPase / formation of translation preinitiation complex / translation elongation factor activity / translation initiation factor activity / tRNA binding / GTPase activity / GTP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Translation initiation factor 2, gamma subunit / Initiation factor eIF2 gamma, domain 2 / Initiation factor eIF2 gamma, GTP-binding domain / Initiation factor eIF2 gamma, C-terminal / Initiation factor eIF2 gamma, C terminal / Translation elongation factor EF1A/initiation factor IF2gamma, C-terminal / Translation factors / Elongation factor Tu domain 2 / Translational (tr)-type GTP-binding domain / Elongation factor Tu GTP binding domain ...Translation initiation factor 2, gamma subunit / Initiation factor eIF2 gamma, domain 2 / Initiation factor eIF2 gamma, GTP-binding domain / Initiation factor eIF2 gamma, C-terminal / Initiation factor eIF2 gamma, C terminal / Translation elongation factor EF1A/initiation factor IF2gamma, C-terminal / Translation factors / Elongation factor Tu domain 2 / Translational (tr)-type GTP-binding domain / Elongation factor Tu GTP binding domain / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Small GTP-binding protein domain / Translation protein, beta-barrel domain superfamily / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Βバレル / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / ピロリン酸塩 / Translation initiation factor 2 subunit gamma
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus solfataricus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Nikonov, O.S. / Stolboushkina, E.A. / Nikulin, A.D. / Hasenohrl, D. / Blaesi, U. / Manstein, D.J. / Fedorov, R.V. / Garber, M.B. / Nikonov, S.V.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: New Insights into the Interactions of the Translation Initiation Factor 2 from Archaea with Guanine Nucleotides and Initiator tRNA.
著者: Nikonov, O. / Stolboushkina, E. / Nikulin, A. / Hasenohrl, D. / Blasi, U. / Manstein, D.J. / Fedorov, R. / Garber, M. / Nikonov, S.
履歴
登録2007年4月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Translation initiation factor 2 gamma subunit
B: Translation initiation factor 2 gamma subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,17511
ポリマ－91,6982
非ポリマー2,4769
水2,882160
1
A: Translation initiation factor 2 gamma subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,3496
ポリマ－45,8491
非ポリマー1,4995
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Translation initiation factor 2 gamma subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,8265
ポリマ－45,8491
非ポリマー9774
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)95.060, 95.060, 165.670
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

#1: タンパク質 Translation initiation factor 2 gamma subunit / eIF-2-gamma / aIF2- gamma


分子量: 45849.230 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 遺伝子: eif2g / プラスミド: pET11d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(DE3) / 参照: UniProt: Q980A5
#2: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP / グアノシン二リン酸


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p / 5'-Guanylyl imidodiphosphate


分子量: 522.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O13P3
コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 化合物
ChemComp-PPV / PYROPHOSPHATE / ピロりん酸 / ピロリン酸塩


分子量: 177.975 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: H4O7P2
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 160 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.89 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: natrium malonate dihydrate, glycine,CdCl2, GDPNP., pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X12 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→19.85 Å / Num. all: 48398 / Num. obs: 45642 / % possible obs: 94.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.076
反射 シェル解像度: 2.65→2.81 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.58 / % possible all: 85.1

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解析

ソフトウェア
名称分類
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
CNS精密化
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: gamma subunit form the aIF2 alpha-gamma dimer. PDB ENTRY: 2AHO

2aho


解像度: 2.65→19.85 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.275 2406 -
Rwork0.22 --
all0.22 48398 -
obs0.22 45642 89.3 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→19.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6424 0 142 160 6726

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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