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- PDB-2pi0: Crystal Structure of IRF-3 bound to the PRDIII-I regulatory eleme... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pi0
タイトルCrystal Structure of IRF-3 bound to the PRDIII-I regulatory element of the human interferon-B enhancer
要素
  • Interferon regulatory factor 3IRF3
  • PRDIII-I region of human interferon-B promoter strand 1
  • PRDIII-I region of human interferon-B promoter strand 2
キーワードtranscription activator/DNA / Interferon (インターフェロン) / Protein-DNA complex (デオキシリボ核酸) / Transcription (転写 (生物学)) / transcription activator-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


IRF3 mediated activation of type 1 IFN / MDA-5 signaling pathway / macrophage apoptotic process / programmed necrotic cell death / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / IRF3-mediated induction of type I IFN / LRR FLII-interacting protein 1 (LRRFIP1) activates type I IFN production / positive regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / 転写 (生物学) / toll-like receptor 4 signaling pathway ...IRF3 mediated activation of type 1 IFN / MDA-5 signaling pathway / macrophage apoptotic process / programmed necrotic cell death / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / IRF3-mediated induction of type I IFN / LRR FLII-interacting protein 1 (LRRFIP1) activates type I IFN production / positive regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / 転写 (生物学) / toll-like receptor 4 signaling pathway / TRAF6 mediated IRF7 activation / DNA-binding transcription activator activity / immune system process / type I interferon-mediated signaling pathway / cellular response to exogenous dsRNA / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / positive regulation of interferon-alpha production / antiviral innate immune response / positive regulation of type I interferon production / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / TICAM1-dependent activation of IRF3/IRF7 / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / positive regulation of interferon-beta production / Activation of IRF3, IRF7 mediated by TBK1, IKKε (IKBKE) / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / promoter-specific chromatin binding / DDX58/IFIH1-mediated induction of interferon-alpha/beta / ISG15 antiviral mechanism / cellular response to virus / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / Interferon gamma signaling / Interferon alpha/beta signaling / sequence-specific double-stranded DNA binding / TRAF3-dependent IRF activation pathway / regulation of inflammatory response / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / defense response to virus / regulation of apoptotic process / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / protein domain specific binding / apoptotic process / DNA damage response / クロマチン / regulation of transcription by RNA polymerase II / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ミトコンドリア / DNA binding / 核質 / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Interferon regulatory factor-3 / Interferon-regulatory factor 3 / Interferon-regulatory factor 3 / Interferon regulatory factor, conserved site / IRF tryptophan pentad repeat DNA-binding domain signature. / Interferon regulatory factor transcription factor / interferon regulatory factor / IRF tryptophan pentad repeat DNA-binding domain profile. / Interferon regulatory factor DNA-binding domain / SMAD-like domain superfamily ...Interferon regulatory factor-3 / Interferon-regulatory factor 3 / Interferon-regulatory factor 3 / Interferon regulatory factor, conserved site / IRF tryptophan pentad repeat DNA-binding domain signature. / Interferon regulatory factor transcription factor / interferon regulatory factor / IRF tryptophan pentad repeat DNA-binding domain profile. / Interferon regulatory factor DNA-binding domain / SMAD-like domain superfamily / SMAD/FHA domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / Interferon regulatory factor 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.31 Å
データ登録者Escalante, C.R. / Nistal-Villan, E. / Leyi, S. / Garcia-Sastre, A. / Aggarwal, A.K.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2007
タイトル: Structure of IRF-3 bound to the PRDIII-I regulatory element of the human interferon-beta enhancer.
著者: Escalante, C.R. / Nistal-Villan, E. / Shen, L. / Garcia-Sastre, A. / Aggarwal, A.K.
履歴
登録2007年4月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_special_symmetry / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: PRDIII-I region of human interferon-B promoter strand 1
F: PRDIII-I region of human interferon-B promoter strand 2
A: Interferon regulatory factor 3
B: Interferon regulatory factor 3
C: Interferon regulatory factor 3
D: Interferon regulatory factor 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,2726
ポリマ－73,2726
非ポリマー00
水2,216123
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)173.417, 46.132, 129.325
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 129.42, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-123-

HOH

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要素

#1: DNA鎖 PRDIII-I region of human interferon-B promoter strand 1


分子量: 10069.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in humans
#2: DNA鎖 PRDIII-I region of human interferon-B promoter strand 2


分子量: 9610.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in humans
#3: タンパク質
Interferon regulatory factor 3 / IRF3 / IRF-3


分子量: 13398.122 Da / 分子数: 4 / Fragment: IRF-3 DNA Binding Domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IRF3 / プラスミド: PET-15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q14653
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 123 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.16 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 12%PEG 400,200mM NaCl, pH 7., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 40011
2NaCl塩化ナトリウム11
3PEG 40012
4NaCl塩化ナトリウム12

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データ収集

回折平均測定温度: 109 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年4月6日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.31→50 Å / Num. obs: 30304 / % possible obs: 91.7 % / Observed criterion σ(F): -3 / Rmerge(I) obs: 0.027 / Rsym value: 0.027 / Net I/σ(I): 34.8
反射 シェル最高解像度: 2.31 Å / Rmerge(I) obs: 0.055 / Mean I/σ(I) obs: 10.8 / Rsym value: 0.055 / % possible all: 74.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1T2K

1t2k


解像度: 2.31→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 15.449 / SU ML: 0.17 / Isotropic thermal model: Anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.266 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26433 1530 5 %RANDOM
Rwork0.18101 ---
obs0.18519 28772 86.11 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 52.97 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.79 Å20 Å2-3.39 Å2
2--3.33 Å20 Å2
3----4.84 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.31→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3361 1306 0 123 4790
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0214930
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.4482.286972
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.5095415
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.31822.189169
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.23415527
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.3171538
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1270.2733
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.023407
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2350.22004
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3150.23088
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1810.2228
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2280.241
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1230.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5591.52167
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.56323353
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.06733666
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.6874.53619
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.31→2.37 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.235 28 -
Rwork0.193 440 -
obs--18.4 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.364-0.87670.11822.4387-0.85393.60060.12290.1744-0.1943-0.2275-0.0299-0.23780.54130.3401-0.0930.00070.08180.0496-0.1154-0.058-0.028233.2734-15.35673.0781
22.59390.0716-0.05881.3130.31540.94090.09240.1674-0.0624-0.0249-0.03890.0331-0.0926-0.0549-0.0535-0.03020.0359-0.0317-0.0619-0.0047-0.02537.12487.249217.5611
33.09250.23780.93581.06950.13511.43080.13720.1914-0.08530.0036-0.0887-0.0034-0.03320.1722-0.0485-0.08430.0288-0.02410.02150.0085-0.044338.91353.9937.9026
41.86620.4243-0.41771.7191-0.70722.7390.03610.015-0.11530.0267-0.0216-0.03-0.0894-0.0839-0.0145-0.05320.0030.0135-0.079-0.0201-0.016313.2942-2.026862.1075
50.08570.1076-0.04460.3440.09081.7040.1060.0181-0.0086-0.02870.0627-0.01-0.10370.0672-0.1687-0.0090.0137-0.0048-0.0049-0.0345-0.022222.34253.298129.1859
60.00960.0492-0.00330.2534-0.01720.00120.0258-0.0354-0.0311-0.0357-0.0262-0.01220.02110.01050.0004-0.00980.0272-0.00450.0016-0.02460.004421.61990.101131.8958
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AC5 - 438 - 46
2X-RAY DIFFRACTION1AC52 - 11055 - 113
3X-RAY DIFFRACTION2BD1 - 1124 - 115
4X-RAY DIFFRACTION3CE4 - 1107 - 113
5X-RAY DIFFRACTION4DF3 - 466 - 49
6X-RAY DIFFRACTION4DF52 - 11155 - 114
7X-RAY DIFFRACTION5EA2 - 331 - 32
8X-RAY DIFFRACTION5FB2 - 331 - 32
9X-RAY DIFFRACTION6AG114 - 1291 - 16
10X-RAY DIFFRACTION6BH114 - 1361 - 23
11X-RAY DIFFRACTION6CI114 - 1341 - 21
12X-RAY DIFFRACTION6DJ114 - 1391 - 26
13X-RAY DIFFRACTION6EK35 - 491 - 15
14X-RAY DIFFRACTION6FL34 - 521 - 19

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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