PDB-2phz: Crystal structure of Iron-uptake system-binding protein FeuA from...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2phz

タイトル

Crystal structure of Iron-uptake system-binding protein FeuA from Bacillus subtilis. Northeast Structural Genomics target SR580.

要素

Iron-uptake system-binding protein

キーワード

TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / SR580 / iron uptake / NESG /

Structural Genomics (構造ゲノミクス) / PSI-2 /

Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium

機能・相同性

機能・相同性情報

iron ion transport / outer membrane-bounded periplasmic space /

脂質ラフト /

細胞膜 /

細胞質
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus subtilis (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Benach, J. / Neely, H. / Seetharaman, J. / Chen, C.X. / Cunningham, K. / Ma, L.-C. / Janjua, H. / Xiao, R. / Baran, M. / Acton, T.B. ...

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of Iron-uptake system-binding protein FeuA from Bacillus subtilis.
著者: Benach, J. / Neely, H. / Seetharaman, J. / Chen, C.X. / Cunningham, K. / Ma, L.-C. / Janjua, H. / Xiao, R. / Baran, M. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. / Northeast ...

履歴

登録	2007年4月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年4月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.4	2017年10月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.5	2018年1月24日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name

Remark 300

BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
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PDBx/mmCIF形式	2phz.cif.gz	70.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2phz.ent.gz	53.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2phz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ph/2phz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ph/2phz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2wi8-d 5m62-d 1oxk-2 5khl-d 4eqa-2 4elq-1 3pu5-d 1qna-1 5yis-d 1sw5-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: SR580

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Iron-uptake system-binding protein

35.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: light scattering

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.461, 55.461, 177.551
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

詳細

the AU contains the biol. assembly. Static light scattering shows it's a monomer in solution.

#1: タンパク質	Iron-uptake system-binding protein 分子量: 35170.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: 168 / 遺伝子: feuA, BSU01630 / プラスミド: pET21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+Magic / 参照: UniProt: P40409
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.6 % / 解説: THE STRUCTURE FACTOR FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 1 microliter protein solution plus 1 microliter reservoir solution, 50mM MgNO3, 50mM MES pH 6.5, 27.5% PEG400, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2		1
3		1

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X4A / 波長: 0.97950, 0.97900, 0.95000

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月5日 / 詳細: mirrors

放射

モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9795	1
2	0.979	1
3	0.95	1

Reflection

D res high: 2 Å / D res low: 50 Å

冗長度 (%)	ID	Av σ(I) over netI	数	R_merge(I) obs	Χ²	Num. obs	% possible obs
9.1	1	13.8	325732	0.092	1.58	35899	99.9
8.8	2	19.9	301755	0.084	1.91	34198	96.4
13.5	3	15.9	484427	0.088	1.76	35910	99.9

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
4.31	50	99.3	1	0.055	1.134	8.8
3.42	4.31	99.6	1	0.066	1.259	8.3
2.99	3.42	100	1	0.085	1.47	8.9
2.71	2.99	100	1	0.119	1.75	9.2
2.52	2.71	100	1	0.157	1.761	9.3
2.37	2.52	100	1	0.198	1.755	9.3
2.25	2.37	100	1	0.256	1.662	9.3
2.15	2.25	100	1	0.313	1.611	9.3
2.07	2.15	100	1	0.444	1.511	9.4
2	2.07	100	1	0.607	1.53	8.9
4.31	50	92.2	2	0.056	1.409	9.8
3.42	4.31	94.5	2	0.068	1.479	8.8
2.99	3.42	95.8	2	0.081	1.968	8.7
2.71	2.99	96.4	2	0.1	2.148	8.8
2.52	2.71	96.8	2	0.119	2.135	8.8
2.37	2.52	97.1	2	0.137	2.075	8.8
2.25	2.37	97.5	2	0.161	1.994	8.7
2.15	2.25	97.6	2	0.187	2.009	8.7
2.07	2.15	97.9	2	0.233	1.777	8.7
2	2.07	98.1	2	0.299	1.805	8.4
4.31	50	99.1	3	0.058	1.284	13.4
3.42	4.31	99.6	3	0.069	1.391	12.5
2.99	3.42	100	3	0.085	1.793	13.2
2.71	2.99	100	3	0.11	1.981	13.6
2.52	2.71	100	3	0.136	1.976	13.7
2.37	2.52	100	3	0.161	1.939	13.7
2.25	2.37	100	3	0.199	1.867	13.7
2.15	2.25	100	3	0.245	1.94	13.6
2.07	2.15	100	3	0.316	1.621	13.7
2	2.07	100	3	0.408	1.561	13.6

反射

解像度: 2→50 Å / Num. obs: 35899 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 9.1 % / R_merge(I) obs: 0.092 / Χ²: 1.58 / Net I/σ(I): 13.8

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
2-2.07	8.9	0.607	3599	1.53	100
2.07-2.15	9.4	0.444	3573	1.511	100
2.15-2.25	9.3	0.313	3599	1.611	100
2.25-2.37	9.3	0.256	3589	1.662	100
2.37-2.52	9.3	0.198	3605	1.755	100
2.52-2.71	9.3	0.157	3560	1.761	100
2.71-2.99	9.2	0.119	3587	1.75	100
2.99-3.42	8.9	0.085	3610	1.47	100
3.42-4.31	8.3	0.066	3580	1.259	99.6
4.31-50	8.8	0.055	3597	1.134	99.3

-
位相決定

Phasing dm

FOM : 0.64 / FOM acentric: 0.64 / FOM centric: 0.64 / 反射: 18301 / Reflection acentric: 15138 / Reflection centric: 3163

Phasing dm shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
5.7-19.622	0.95	0.97	0.93	931	559	372
3.6-5.7	0.94	0.95	0.9	2689	2031	658
2.9-3.6	0.86	0.88	0.79	3227	2635	592
2.5-2.9	0.7	0.72	0.57	3111	2638	473
2.1-2.5	0.49	0.5	0.39	5295	4594	701
2-2.1	0.27	0.27	0.21	3048	2681	367

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
RESOLVE	2.08	位相決定
CNS	1.1	精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
ADSC	QUANTUM	データ収集
HKL-2000		データ削減
SnB		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.15→20 Å / FOM work R set: 0.842 / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: THE FRIEDEL PAIRS WERE USED FOR PHASING

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.234	2569	8.9 %
R_work	0.2	-	-
obs	0.2	26990	93.8 %

溶媒の処理

B_sol: 51.071 Å²

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.91 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.548 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.225 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.677 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2184	0	0	146	2330

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.004329
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.08738
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it	2.517	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it	3.881	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it	4.817	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it	7.727	2.5

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 50

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection obs
2.15-2.16	0.221	51	0.225	444	495
2.16-2.18	0.251	58	0.218	470	528
2.18-2.19	0.249	48	0.217	455	503
2.19-2.21	0.228	42	0.187	468	510
2.21-2.23	0.232	48	0.191	434	482
2.23-2.24	0.264	58	0.204	454	512
2.24-2.26	0.241	39	0.223	441	480
2.26-2.28	0.276	46	0.216	468	514
2.28-2.3	0.315	44	0.231	486	530
2.3-2.32	0.235	32	0.208	462	494
2.32-2.34	0.229	46	0.203	481	527
2.34-2.36	0.366	39	0.22	461	500
2.36-2.38	0.223	52	0.199	480	532
2.38-2.4	0.325	40	0.21	464	504
2.4-2.42	0.248	50	0.212	445	495
2.42-2.44	0.246	57	0.225	459	516
2.44-2.47	0.379	42	0.238	471	513
2.47-2.49	0.446	30	0.223	503	533
2.49-2.52	0.305	54	0.215	518	572
2.52-2.55	0.305	51	0.201	419	470
2.55-2.58	0.233	37	0.22	499	536
2.58-2.61	0.257	45	0.209	504	549
2.61-2.64	0.248	31	0.217	511	542
2.64-2.67	0.241	49	0.238	485	534
2.67-2.71	0.275	56	0.204	489	545
2.71-2.74	0.293	50	0.235	495	545
2.74-2.78	0.218	54	0.224	506	560
2.78-2.83	0.213	45	0.192	483	528
2.83-2.87	0.324	53	0.225	502	555
2.87-2.92	0.247	49	0.221	516	565
2.92-2.97	0.259	64	0.238	473	537
2.97-3.02	0.302	68	0.224	496	564
3.02-3.08	0.24	52	0.216	524	576
3.08-3.14	0.273	59	0.201	480	539
3.14-3.21	0.291	36	0.193	514	550
3.21-3.28	0.246	56	0.218	531	587
3.28-3.36	0.271	67	0.203	479	546
3.36-3.46	0.206	71	0.201	509	580
3.46-3.56	0.253	59	0.176	507	566
3.56-3.67	0.189	62	0.178	518	580
3.67-3.8	0.198	36	0.188	514	550
3.8-3.95	0.236	71	0.179	522	593
3.95-4.13	0.165	74	0.164	486	560
4.13-4.35	0.178	69	0.185	490	559
4.35-4.61	0.218	61	0.157	529	590
4.61-4.97	0.144	48	0.154	519	567
4.97-5.46	0.2	53	0.192	510	563
5.46-6.23	0.256	39	0.216	539	578
6.23-7.77	0.342	60	0.247	514	574
7.77-20	0.185	68	0.189	494	562

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file
X-RAY DIFFRACTION	1	protein_rep.par
X-RAY DIFFRACTION	2	water_rep.param

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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万見 (Yorodumi)