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- PDB-2peh: Crystal structure of the UHM domain of human SPF45 in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2peh
タイトルCrystal structure of the UHM domain of human SPF45 in complex with SF3b155-ULM5
要素
  • Splicing factor 3B subunit 1
  • Splicing factor 45
キーワードPROTEIN BINDING (タンパク質) / RRM / UHM
機能・相同性
機能・相同性情報


U11/U12 snRNP / alternative mRNA splicing, via spliceosome / B-WICH complex / splicing factor binding / U12-type spliceosomal complex / RNA splicing, via transesterification reactions / : / mRNA cis splicing, via spliceosome / U2-type spliceosomal complex / U2-type precatalytic spliceosome ...U11/U12 snRNP / alternative mRNA splicing, via spliceosome / B-WICH complex / splicing factor binding / U12-type spliceosomal complex / RNA splicing, via transesterification reactions / : / mRNA cis splicing, via spliceosome / U2-type spliceosomal complex / U2-type precatalytic spliceosome / U2-type prespliceosome assembly / U2 snRNP / positive regulation of transcription by RNA polymerase III / U2-type prespliceosome / spliceosomal complex assembly / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / mRNA Splicing - Minor Pathway / catalytic step 2 spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / RNA splicing / spliceosomal complex / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / mRNA splicing, via spliceosome / nuclear speck / クロマチンリモデリング / mRNA binding / 核小体 / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / RNA binding / 核質 / 細胞核
類似検索 - 分子機能
SPF45, RNA recognition motif / Splicing factor 45 / G-patch domain / G-patch domain profile. / G-patch domain / glycine rich nucleic binding domain / Splicing factor 3B subunit 1 / Splicing factor 3B subunit 1 / Splicing factor 3B subunit 1-like / RNA recognition motif domain, eukaryote ...SPF45, RNA recognition motif / Splicing factor 45 / G-patch domain / G-patch domain profile. / G-patch domain / glycine rich nucleic binding domain / Splicing factor 3B subunit 1 / Splicing factor 3B subunit 1 / Splicing factor 3B subunit 1-like / RNA recognition motif domain, eukaryote / RNA認識モチーフ / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA認識モチーフ / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Splicing factor 3B subunit 1 / Splicing factor 45
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.11 Å
データ登録者Corsini, L. / Basquin, J. / Hothorn, M. / Sattler, M.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: U2AF-homology motif interactions are required for alternative splicing regulation by SPF45.
著者: Corsini, L. / Bonna, S. / Basquin, J. / Hothorn, M. / Scheffzek, K. / Valcarcel, J. / Sattler, M.
履歴
登録2007年4月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Splicing factor 45
C: Splicing factor 3B subunit 1
B: Splicing factor 45
D: Splicing factor 3B subunit 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9944
ポリマ－25,9944
非ポリマー00
水1,67593
1
A: Splicing factor 45
C: Splicing factor 3B subunit 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,9972
ポリマ－12,9972
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1040 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area6080 Å2
手法PISA
2
B: Splicing factor 45
D: Splicing factor 3B subunit 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,9972
ポリマ－12,9972
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area930 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area5910 Å2
手法PISA
3
A: Splicing factor 45
C: Splicing factor 3B subunit 1

B: Splicing factor 45
D: Splicing factor 3B subunit 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9944
ポリマ－25,9944
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_455x-1,y,z1
Buried area2460 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area11510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.920, 66.380, 72.770
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Splicing factor 45 / / 45 kDa-splicing factor / RNA-binding motif protein 17


分子量: 11690.481 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RBM17, SPF45 / プラスミド: pETM30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): K12 BL21(DE3) pLysS / 参照: UniProt: Q96I25
#2: タンパク質・ペプチド Splicing factor 3B subunit 1 / Spliceosome-associated protein 155 / SAP 155 / SF3b155 / Pre-mRNA-splicing factor SF3b 155 kDa subunit


分子量: 1306.470 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: The SF3b 155 peptide was chemically synthesized / 参照: UniProt: O75533
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.33 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 25% (w/v) PEG 1,500, 0.1 M Malonate, Imidazole, Borate buffer pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年2月1日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: copper Ka / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→38.3 Å / Num. all: 13008 / Num. obs: 13008 / % possible obs: 89.3 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 22 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rsym value: 0.045 / Net I/σ(I): 32.56
反射 シェル解像度: 2.05→2.17 Å / 冗長度: 6.75 % / Rmerge(I) obs: 0.206 / Mean I/σ(I) obs: 9.46 / Num. unique all: 1819 / Rsym value: 0.188 / % possible all: 78.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MAR345dtbデータ収集
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB-ID 2pe8

2pe8


解像度: 2.11→38.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.896 / SU B: 11.575 / SU ML: 0.163 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): -3 / σ(I): -3 / ESU R: 0.312 / ESU R Free: 0.243 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27272 613 5 %RANDOM
Rwork0.20811 ---
all0.21132 11550 --
obs0.21132 11550 91.63 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.339 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.87 Å20 Å20 Å2
2--0.52 Å20 Å2
3---0.34 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.11→38.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1760 0 0 93 1853
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0221802
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.021239
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3851.9782435
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.17733018
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6325229
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.56524.35385
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.22215315
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.3281514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1530.2272
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022028
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02368
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1920.2306
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1940.21270
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1720.2876
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0830.21012
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1290.292
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0050.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3510.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1550.227
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2160.26
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7311.51476
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1341.5463
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.84721816
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.513776
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.1484.5616
LS精密化 シェル解像度: 2.114→2.169 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.308 51 -
Rwork0.214 883 -
obs-883 95.21 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.83490.5172-0.21642.1041-1.56255.7401-0.0380.14060.03330.0252-0.0072-0.0979-0.08280.17710.0452-0.14270.0120.0214-0.1749-0.0009-0.135512.6655-5.1079-8.2712
27.0069-2.80581.27674.32690.70236.46070.37570.508-1.0937-0.1334-0.05980.42140.4120.5329-0.3159-0.10990.0368-0.0722-0.0913-0.08770.05331.1854-5.7181-26.9441
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA298 - 4012 - 105
2X-RAY DIFFRACTION1CB334 - 3422 - 10
3X-RAY DIFFRACTION2BC298 - 4012 - 105
4X-RAY DIFFRACTION2DD334 - 3422 - 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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