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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2pcb | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF A COMPLEX BETWEEN ELECTRON TRANSFER PARTNERS, CYTOCHROME C PEROXIDASE AND CYTOCHROME C | ||||||
要素 |
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キーワード | OXIDOREDUCTASE/ELECTRON TRANSPORT / OXIDOREDUCTASE-ELECTRON TRANSPORT complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cytochrome c-heme linkage / cytochrome complex / シトクロムcペルオキシダーゼ / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity / cytochrome-c peroxidase activity / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / respirasome / response to reactive oxygen species ...cytochrome c-heme linkage / cytochrome complex / シトクロムcペルオキシダーゼ / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity / cytochrome-c peroxidase activity / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / respirasome / response to reactive oxygen species / hydrogen peroxide catabolic process / peroxidase activity / ミトコンドリア / cellular response to oxidative stress / electron transfer activity / ミトコンドリアマトリックス / positive regulation of apoptotic process / apoptotic process / lipid binding / heme binding / ミトコンドリア / identical protein binding / metal ion binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) Equus caballus (ウマ) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Pelletier, H. / Kraut, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 1992 タイトル: Crystal structure of a complex between electron transfer partners, cytochrome c peroxidase and cytochrome c. 著者: Pelletier, H. / Kraut, J. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1990 タイトル: X-Ray Structures of Recombinant Yeast Cytochrome C Peroxidase and Three Heme-Cleft Mutants Prepared by Site-Directed Mutagenesis 著者: Wang, J. / Mauro, J.M. / Edwards, S.L. / Oatley, S.J. / Fishel, L.A. / Ashford, V.A. / Xuong, N.-H. / Kraut, J. #2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1990 タイトル: High-Resolution Three Dimensional Structure of Horse Heart Cytochrome C 著者: Bushnell, G.W. / Louie, G.V. / Brayer, G.D. #3: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1987 タイトル: Co-Crystals of Yeast Cytochrome C Peroxidase and Horse Heart Cytochrome C 著者: Poulos, T.L. / Sheriff, S. / Howard, A.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2pcb.cif.gz | 162 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2pcb.ent.gz | 127.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2pcb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pc/2pcb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pc/2pcb | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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2 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33769.605 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 器官: HEART心臓 / 参照: UniProt: P00431 #2: タンパク質 | | 分子量: 11725.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Equus caballus (ウマ) / 器官: HEART心臓 / 参照: UniProt: P00004 #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.2 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.8 Å / Num. obs: 24671 / % possible obs: 93 % / Rmerge(I) obs: 0.055 |
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-解析
ソフトウェア | 名称: X-PLOR / 分類: 精密化 | ||||||||||||
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精密化 | 解像度: 2.8→6 Å / Rfactor Rwork: 0.178 詳細: THE YEAST CCP USED HERE IS A RECOMBINANT (CALLED CCP(MI) AND EXPRESSED IN E. COLI) WHICH HAS A MET-ILE DIPEPTIDE FUSED TO THE N-TERMINUS. THIS MET-ILE DIPEPTIDE WAS NOT INCLUDED IN THIS ...詳細: THE YEAST CCP USED HERE IS A RECOMBINANT (CALLED CCP(MI) AND EXPRESSED IN E. COLI) WHICH HAS A MET-ILE DIPEPTIDE FUSED TO THE N-TERMINUS. THIS MET-ILE DIPEPTIDE WAS NOT INCLUDED IN THIS STRUCTURE DUE TO DISORDER. AFTER FINAL REFINEMENT THERE WAS ADDITIONAL ELECTRON DENSITY FOUND IN THE ASYMMETRIC UNIT WHICH HAS BEEN ATTRIBUTED TO A PARTIALLY OCCUPIED SECOND CYTOCHROME C MOLECULE. THE COORDINATES FOR A POSSIBLE SECOND CYTOCHROME C SITE HAVE NOT BEEN INCLUDED IN THIS ENTRY. SEE REFERENCE 1 FOR DETAILS. | ||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→6 Å
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.8 Å / Rfactor obs: 0.178 | ||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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