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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2ovw | ||||||||||||
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タイトル | ENDOGLUCANASE I COMPLEXED WITH CELLOBIOSE | ||||||||||||
要素 | ENDOGLUCANASE Iセルラーゼ | ||||||||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / GLYCOSYL HYDROLASE (グリコシダーゼ) / ENDOGLUCANASE I (セルラーゼ) / COMPLEXED WITH CELLOBIOSE / GLYCOSYLATED PROTEIN (グリコシル化) | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||||||||
生物種 | Fusarium oxysporum (菌類) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Sulzenbacher, G. / Davies, G.J. / Schulein, M. | ||||||||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1997 タイトル: Structure of the endoglucanase I from Fusarium oxysporum: native, cellobiose, and 3,4-epoxybutyl beta-D-cellobioside-inhibited forms, at 2.3 A resolution. 著者: Sulzenbacher, G. / Schulein, M. / Davies, G.J. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1996 タイトル: Structure of the Fusarium Oxysporum Endoglucanase I with a Nonhydrolyzable Substrate Analogue: Substrate Distortion Gives Rise to the Preferred Axial Orientation for the Leaving Group 著者: Sulzenbacher, G. / Driguez, H. / Henrissat, B. / Schulein, M. / Davies, G.J. #2: ジャーナル: Gene / 年: 1994 タイトル: The Use of Conserved Cellulase Family-Specific Sequences to Clone Cellulase Homologue Cdnas from Fusarium Oxysporum 著者: Sheppard, P.O. / Grant, F.J. / Oort, P.J. / Sprecher, C.A. / Foster, D.C. / Hagen, F.S. / Upshall, A. / Mcknight, G.L. / O'Hara, P.J. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2ovw.cif.gz | 337.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2ovw.ent.gz | 273.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2ovw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ov/2ovw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ov/2ovw | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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詳細 | THE COORDINATES GIVEN DEFINE THE STRUCTURE OF ENDOGLUCANASE I AND COMPRISE RESIDUES 1 - 398 OF THE 412 RESIDUES IN THE MATURE PROTEIN. THERE ARE FOUR COPIES OF THE MOLECULE IN THE ASYMMETRIC UNIT WITH CHAIN IDENTIFIERS A, B, C AND D. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44685.320 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Fusarium oxysporum (菌類) / 参照: UniProt: P46237, セルラーゼ #2: 多糖 | beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose / beta-cellobiose #3: 糖 | ChemComp-NAG / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | THE C-TERMINAL RESIDUES ARE EITHER DISORDERED OR ABSENT (C-TERMINAL DEGRADATION). MASS SPECTROMETRY ...THE C-TERMINAL RESIDUES ARE EITHER DISORDERED | 非ポリマーの詳細 | A LIGAND CELLOBIOSE IS BOUND IN THE ACTIVE SITE OF EACH MOLECULE AND HAS THE RESIDUE NAME COB AND ...A LIGAND CELLOBIOSE | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.6 % | ||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 22 % PEG 8K, 0.2 M MAGNESIUM CHLORIDE, PH 6.5 FOR 0.1 M MOPS. METHOD: HANGING DROP VAPOR DIFFUSION THE NATIVE CRYSTALS WERE SOAKED FOR 1 HOUR IN STABILIZING SOLUTION CONTAINING 20 MM OF ...詳細: 22 % PEG 8K, 0.2 M MAGNESIUM CHLORIDE, PH 6.5 FOR 0.1 M MOPS. METHOD: HANGING DROP VAPOR DIFFUSION THE NATIVE CRYSTALS WERE SOAKED FOR 1 HOUR IN STABILIZING SOLUTION CONTAINING 20 MM OF CELLOBIOSE., vapor diffusion - hanging drop | ||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 16 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4 | ||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 120 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-C / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年8月23日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→30 Å / Num. obs: 57194 / % possible obs: 86.6 % / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 31.27 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 9.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.4 Å / 冗長度: 1.37 % / Rmerge(I) obs: 0.27 / Mean I/σ(I) obs: 2.29 / % possible all: 59.9 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 54 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: NATIVE STRUCTURE (2 MOLECULES IN ASYMMETRIC UNIT) 解像度: 2.3→15 Å / 交差検証法: FREE R / 詳細: X-PLOR 3.1 (BRUNGER) ALSO WAS USED.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 29.73 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→15 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.209 / Rfactor Rfree: 0.28 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |