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Yorodumi- PDB-4j5v: Crystal structure of p19 in complex with double-helical RNA 19mer... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4j5v | ||||||
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Title | Crystal structure of p19 in complex with double-helical RNA 19mer p(CAG)3C(CCG)3 | ||||||
Components |
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Keywords | RNA BINDING PROTEIN/RNA / RNA silencing suppression / trinucleotide repeats / dimer / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Tomato bushy stunt virus | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.15 Å | ||||||
Authors | Tamjar, J. / Popov, A.N. / Malinina, L. | ||||||
Citation | Journal: To be published Title: Structural insights into CNG-repetitive RNAs associated with human Trinucleotide Repeat Expansion Diseases (TREDs) Authors: Tamjar, J. / Katorcha, E. / Cabo, A. / Delgado, S. / Popov, A.N. / Malinina, L. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4j5v.cif.gz | 96.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4j5v.ent.gz | 72.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4j5v.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j5/4j5v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j5/4j5v | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Details | THE BIOLOGICAL UNIT IS A P19 HOMODIMER BOUND TO DOUBLE-STRANDED RNA. |
-Components
#1: Protein | Mass: 14513.208 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 27-149 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Tomato bushy stunt virus / Gene: ORF4 / Plasmid: pET28a / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: P69517 | ||
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#2: RNA chain | Mass: 6065.712 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Details: siRNA p(CAG)3C(CCG)3 | ||
#3: Chemical | ChemComp-SO4 / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.82 Å3/Da / Density % sol: 56.34 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6 Details: 1.7 mM ammonium sulfate, 0.1 M MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID23-1 / Wavelength: 0.9724 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Oct 25, 2010 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9724 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.15→30 Å / Num. obs: 12580 / % possible obs: 98.2 % / Redundancy: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 19.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.15→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.33 / SU B: 9.457 / SU ML: 0.114 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.204 / ESU R Free: 0.173 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 45.401 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.15→15 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.15→2.209 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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