+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2ovd | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal Structure of Human Complement Protein C8gamma with Laurate | ||||||
要素 | Complement component 8, gamma polypeptide | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / LIGAND BINDING PROTEIN (リガンド) / lipocalin / beta barrel (Βバレル) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Terminal pathway of complement / 膜侵襲複合体 / complement binding / complement activation, alternative pathway / retinol binding / complement activation, classical pathway / Regulation of Complement cascade / positive regulation of immune response / killing of cells of another organism / blood microparticle ...Terminal pathway of complement / 膜侵襲複合体 / complement binding / complement activation, alternative pathway / retinol binding / complement activation, classical pathway / Regulation of Complement cascade / positive regulation of immune response / killing of cells of another organism / blood microparticle / protein-containing complex binding / extracellular exosome / extracellular region / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Chiswell, B. / Lovelace, L.L. / Brannen, C. / Ortlund, E.A. / Lebioda, L. / Sodetz, J.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2007 タイトル: Structural features of the ligand binding site on human complement protein C8gamma: A member of the lipocalin family 著者: Chiswell, B. / Lovelace, L.L. / Brannen, C. / Ortlund, E.A. / Lebioda, L. / Sodetz, J.M. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2ovd.cif.gz | 46.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb2ovd.ent.gz | 34.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2ovd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ov/2ovd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ov/2ovd | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20320.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: C8G / プラスミド: pET-17b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Origami B(DE3) / 参照: UniProt: Q14CU0, UniProt: P07360*PLUS |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-DAO / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.65 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 詳細: 0.1 M sodium citrate and 25-27% PEG 4000. Sodium laurate (Sigma) was solubilized in methanol/water and used to prepare a 0.9 mM solution in 0.1M imidazole containing 32% PEG 4000, pH 7.0, pH ...詳細: 0.1 M sodium citrate and 25-27% PEG 4000. Sodium laurate (Sigma) was solubilized in methanol/water and used to prepare a 0.9 mM solution in 0.1M imidazole containing 32% PEG 4000, pH 7.0, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.91963 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年3月14日 |
放射 | モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.91963 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 18059 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.058 / Χ2: 0.863 / Net I/σ(I): 10.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.75→1.81 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.335 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique all: 1412 / Χ2: 0.744 / % possible all: 77.4 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 解像度: 1.8→500 Å / FOM work R set: 0.889 / σ(F): 1149
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | Bsol: 56.68 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 25.504 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→500 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
|