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- PDB-2o78: Tyrosine ammonia-lyase from Rhodobacter sphaeroides (His89Phe var... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2o78
タイトルTyrosine ammonia-lyase from Rhodobacter sphaeroides (His89Phe variant) complexed with cinnamic acid
要素Putative histidine ammonia-lyase
キーワードLYASE (リアーゼ) / Methylidene imidazolone prosthetic group
機能・相同性
機能・相同性情報


チロシンアンモニアリアーゼ / tyrosine ammonia-lyase activity / phenylpropanoid biosynthetic process / tyrosine catabolic process / protein homotetramerization / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Phenylalanine/histidine ammonia-lyases, active site / Phenylalanine and histidine ammonia-lyases signature. / Aromatic amino acid lyase / Aromatic amino acid lyase / Fumarase/aspartase (N-terminal domain) / Fumarase/aspartase (Central domain) / Fumarase C; Chain A, domain 2 / Fumarase C; Chain B, domain 1 / Fumarase/histidase, N-terminal / L-Aspartase-like ...Phenylalanine/histidine ammonia-lyases, active site / Phenylalanine and histidine ammonia-lyases signature. / Aromatic amino acid lyase / Aromatic amino acid lyase / Fumarase/aspartase (N-terminal domain) / Fumarase/aspartase (Central domain) / Fumarase C; Chain A, domain 2 / Fumarase C; Chain B, domain 1 / Fumarase/histidase, N-terminal / L-Aspartase-like / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PHENYLETHYLENECARBOXYLIC ACID / チロシンアンモニアリアーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Louie, G.V. / Bowman, M.E. / Moffitt, M.C. / Baiga, T.J. / Moore, B.S. / Noel, J.P.
引用ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2006
タイトル: Structural determinants and modulation of substrate specificity in phenylalanine-tyrosine ammonia-lyases.
著者: Louie, G.V. / Bowman, M.E. / Moffitt, M.C. / Baiga, T.J. / Moore, B.S. / Noel, J.P.
履歴
登録2006年12月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_peptide_omega / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_torsion / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
Remark 999Sequence Residue MDO is autocatalytically formed by internal tripeptide segment Ala149-Ser150-Gly151

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative histidine ammonia-lyase
B: Putative histidine ammonia-lyase
C: Putative histidine ammonia-lyase
D: Putative histidine ammonia-lyase
E: Putative histidine ammonia-lyase
F: Putative histidine ammonia-lyase
G: Putative histidine ammonia-lyase
H: Putative histidine ammonia-lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)440,82316
ポリマ－439,6388
非ポリマー1,1858
水59,2333288
1
A: Putative histidine ammonia-lyase
B: Putative histidine ammonia-lyase
C: Putative histidine ammonia-lyase
D: Putative histidine ammonia-lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)220,4118
ポリマ－219,8194
非ポリマー5934
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area31230 Å2
ΔGint-158 kcal/mol
Surface area57110 Å2
手法PISA
2
E: Putative histidine ammonia-lyase
F: Putative histidine ammonia-lyase
G: Putative histidine ammonia-lyase
H: Putative histidine ammonia-lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)220,4118
ポリマ－219,8194
非ポリマー5934
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area31180 Å2
ΔGint-161 kcal/mol
Surface area56730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.592, 155.048, 164.044
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.24, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The 222-symmetric homotetramer includes chains A, B, C, and D. / The 222-symmetric homotetramer includes chains E, F, G, and H.

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要素

#1: タンパク質
Putative histidine ammonia-lyase /


分子量: 54954.715 Da / 分子数: 8 / 断片: Tyrosine ammonia-lyase / 変異: H89F / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)
遺伝子: hutH / プラスミド: pHis8 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q3IWB0, EC: 4.3.1.-
#2: 化合物
ChemComp-TCA / PHENYLETHYLENECARBOXYLIC ACID / けい皮酸 / ケイ皮酸


分子量: 148.159 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H8O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3288 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.3 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1 M MOPSO (pH 7.0), 7% (w/v) polyethylene glycol 8000, 0.3 M ammonium acetate, 2 mM dithiothreitol, 35 mM cyclohexylbutanoyl-N-hydroxyethylglucamide, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97945 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年5月1日
放射モノクロメーター: Single crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97945 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→500 Å / Num. obs: 339317 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 14.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.135 / Net I/σ(I): 7.5
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.511 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 97.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
CNS1.1精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2o6y (tyrosine ammonia-lyase from Rhodobacter sphaeroides)

2o6y


解像度: 1.9→500 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: Random / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1962 17040 -Random
Rwork0.1717 ---
all-342344 --
obs-337722 97.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 16.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→500 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数30470 0 88 3288 33846
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.164
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.557
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.09
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.819
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.99 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2852 2028 -
Rwork0.2649 --
obs-37789 97.3 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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