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- PDB-2o3u: Structural Basis for Formation and Hydrolysis of Calcium Messenge... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2o3u | ||||||
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Title | Structural Basis for Formation and Hydrolysis of Calcium Messenger Cyclic ADP-ribose by Human CD38 | ||||||
![]() | ADP-ribosyl cyclase 1![]() | ||||||
![]() | ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() 2'-phospho-ADP-ribosyl cyclase/2'-phospho-cyclic-ADP-ribose transferase / phosphorus-oxygen lyase activity / artery smooth muscle contraction / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Liu, Q. / Kriksunov, I.A. / Graeff, R. / Lee, H.C. / Hao, Q. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural basis for formation and hydrolysis of the calcium messenger cyclic ADP-ribose by human CD38 Authors: Liu, Q. / Kriksunov, I.A. / Graeff, R. / Lee, H.C. / Hao, Q. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 122.4 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 94.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 2o3qC ![]() 2o3rC ![]() 2o3sC ![]() 2o3tC ![]() 1yh3S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Details | There are two biological units in the crystallographic asymmetric unit. |
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Components
#1: Protein | ![]() Mass: 30379.408 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: Extracellular domain, residues 45-300 / Mutation: Q49T, N100D, N164D, N209D, N219D, E226Q Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.3 Å3/Da / Density % sol: 46.52 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 300 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 100 mM MES, 12% PEG4000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210 / Detector: CCD / Date: Jan 29, 2006 |
Radiation | Monochromator: Si 111 CHANNEL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 2.1→30 Å / Num. all: 30854 / Num. obs: 29497 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 |
Reflection shell | Resolution: 2.1→2.18 Å / % possible all: 78.9 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: PDB entry 1YH3 Resolution: 2.11→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 10.08 / SU ML: 0.14 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.251 / ESU R Free: 0.192 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 40.619 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.11→20 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.11→2.166 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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