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- PDB-2nol: Structure of catalytically inactive human 8-oxoguanine glycosylas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2nol
タイトルStructure of catalytically inactive human 8-oxoguanine glycosylase distal crosslink to oxoG DNA
要素
  • 5'-D(*GP*CP*GP*TP*CP*CP*AP*(G42)P*GP*TP*CP*TP*AP*CP*C)-3'
  • 5'-D(*GP*GP*TP*AP*GP*AP*CP*CP*TP*GP*GP*AP*CP*GP*C)-3'
  • N-glycosylase/DNA lyase
キーワードHydrolase (加水分解酵素) / Lyase/DNA / N-glycosylase/DNA lyase / DNA repair (DNA修復) / 8-oxoguanine (8-オキソグアニン) / Lyase-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective OGG1 Substrate Binding / Defective OGG1 Substrate Processing / Defective OGG1 Localization / depurination / negative regulation of double-strand break repair via single-strand annealing / oxidized purine nucleobase lesion DNA N-glycosylase activity / base-excision repair, AP site formation / depyrimidination / Displacement of DNA glycosylase by APEX1 / 8-oxo-7,8-dihydroguanine DNA N-glycosylase activity ...Defective OGG1 Substrate Binding / Defective OGG1 Substrate Processing / Defective OGG1 Localization / depurination / negative regulation of double-strand break repair via single-strand annealing / oxidized purine nucleobase lesion DNA N-glycosylase activity / base-excision repair, AP site formation / depyrimidination / Displacement of DNA glycosylase by APEX1 / 8-oxo-7,8-dihydroguanine DNA N-glycosylase activity / response to folic acid / oxidized purine DNA binding / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / APEX1-Independent Resolution of AP Sites via the Single Nucleotide Replacement Pathway / response to light stimulus / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / cellular response to cadmium ion / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / nucleotide-excision repair / response to radiation / 塩基除去修復 / nuclear matrix / response to estradiol / microtubule binding / endonuclease activity / response to ethanol / response to oxidative stress / damaged DNA binding / ミトコンドリアマトリックス / nuclear speck / response to xenobiotic stimulus / DNA damage response / regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of apoptotic process / protein-containing complex / 核質 / 細胞核 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
TATA-Binding Protein - #40 / 8-oxoguanine DNA-glycosylase / 8-oxoguanine DNA glycosylase, N-terminal / 8-oxoguanine DNA glycosylase, N-terminal domain / Helix-hairpin-Helix base-excision DNA repair enzymes (C-terminal) / Endonuclease Iii, domain 2 / Hypothetical protein; domain 2 / HhH-GPD superfamily base excision DNA repair protein / Helix-hairpin-helix, base-excision DNA repair, C-terminal / HhH-GPD domain ...TATA-Binding Protein - #40 / 8-oxoguanine DNA-glycosylase / 8-oxoguanine DNA glycosylase, N-terminal / 8-oxoguanine DNA glycosylase, N-terminal domain / Helix-hairpin-Helix base-excision DNA repair enzymes (C-terminal) / Endonuclease Iii, domain 2 / Hypothetical protein; domain 2 / HhH-GPD superfamily base excision DNA repair protein / Helix-hairpin-helix, base-excision DNA repair, C-terminal / HhH-GPD domain / endonuclease III / DNAグリコシラーゼ / Endonuclease III; domain 1 / TATA結合タンパク質 / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / N-glycosylase/DNA lyase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.57 Å
データ登録者Banerjee, A. / Radom, C.T. / Verdine, G.L.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Structural characterization of human 8-oxoguanine DNA glycosylase variants bearing active site mutations.
著者: Radom, C.T. / Banerjee, A. / Verdine, G.L.
履歴
登録2006年10月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年11月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: 5'-D(*GP*GP*TP*AP*GP*AP*CP*CP*TP*GP*GP*AP*CP*GP*C)-3'
C: 5'-D(*GP*CP*GP*TP*CP*CP*AP*(G42)P*GP*TP*CP*TP*AP*CP*C)-3'
A: N-glycosylase/DNA lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,8335
ポリマ－45,7533
非ポリマー802
水2,756153
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)92.037, 92.037, 211.368
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*GP*GP*TP*AP*GP*AP*CP*CP*TP*GP*GP*AP*CP*GP*C)-3'


分子量: 4635.010 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 5'-D(*GP*CP*GP*TP*CP*CP*AP*(G42)P*GP*TP*CP*TP*AP*CP*C)-3'


分子量: 4561.948 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 N-glycosylase/DNA lyase / AP lyase


分子量: 36556.355 Da / 分子数: 1
Fragment: 8-oxoguanine DNA glycosylase, DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase
Mutation: K249Q,S292C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: OGG1, MMH, MUTM, OGH1 / プラスミド: pET30a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: O15527, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素, DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 153 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.06 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: PEG 8000, CaCl2, Na cacodylate, pH 6.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 800011
2Ca(OAc)211
3Na cacodylate11
4H2O11
5PEG 800012
6Ca(OAc)212
7Na cacodylate12
8H2O12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2001年8月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.57→50 Å / Num. obs: 17596 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.132 / Χ2: 1.002 / Net I/σ(I): 6.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.57-2.667.50.4841688198.8
2.66-2.777.50.40917021.00399
2.77-2.897.50.32717131.00399
2.89-3.057.50.25517181.00299.1
3.05-3.247.50.181718199.1
3.24-3.497.40.12917481.00599.3
3.49-3.847.30.10217631.00399.4
3.84-4.397.20.07817651.00299.4
4.39-5.5370.06918141.00399.5
5.53-506.60.05919671.00199

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS1.1精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
CBASSデータ収集
HKL-2000データ削減
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.57→50 Å / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25 1235 7 %RANDOM
Rwork0.206 ---
obs-16707 94.7 %-
溶媒の処理Bsol: 30.526 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 29.532 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.029 Å2-1.825 Å20 Å2
2---0.029 Å20 Å2
3---0.058 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.57→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2422 610 2 153 3187
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.18
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:dna-rna_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:ion.param
X-RAY DIFFRACTION5oxo_par.txt

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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