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- PDB-2n7b: Solution structure of the human Siglec-8 lectin domain in complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2n7b
タイトルSolution structure of the human Siglec-8 lectin domain in complex with 6'sulfo sialyl Lewisx
要素Sialic acid-binding Ig-like lectin 8
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / Sialic acid-binding immunoglobulin-like lectin 8 / Siglec8 / SAF-2 / I-type lectin / carbohydrate-binding receptor / carbohydrate recognition / protein-glycan complex / sulfated sialyl Lewis X
機能・相同性
機能・相同性情報


sialic acid binding / transmembrane signaling receptor activity / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / carbohydrate binding / 細胞接着 / シグナル伝達 / 生体膜 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
抗体 / 免疫グロブリンフォールド / 免疫グロブリンフォールド / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Ig-like domain profile. ...抗体 / 免疫グロブリンフォールド / 免疫グロブリンフォールド / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / 抗体 / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-aminopropan-1-ol / Sialic acid-binding Ig-like lectin 8
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Proepster, J.M. / Yang, F. / Rabbani, S. / Ernst, B. / Allain, F.H.-T. / Schubert, M.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016
タイトル: Structural basis for sulfation-dependent self-glycan recognition by the human immune-inhibitory receptor Siglec-8.
著者: Propster, J.M. / Yang, F. / Rabbani, S. / Ernst, B. / Allain, F.H. / Schubert, M.
履歴
登録2015年9月7日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年7月27日Group: Database references
改定 1.22016年8月3日Group: Database references
改定 1.32016年10月12日Group: Structure summary
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sialic acid-binding Ig-like lectin 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,6413
ポリマ－16,6651
非ポリマー9762
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 500structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Sialic acid-binding Ig-like lectin 8 / Siglec-8 / Sialoadhesin family member 2 / SAF-2


分子量: 16665.463 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal lectin domain (UNP residues 17-155) / 変異: C26S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SIGLEC8, SAF2 / Variant: SIGLEC8 / プラスミド: pET-43.1a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta-gami B (DE3) / 参照: UniProt: Q9NYZ4
#2: 多糖 N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-6-O-sulfo-beta-D-galactopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose- ...N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-6-O-sulfo-beta-D-galactopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-3)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 900.807 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DNeup5Aca2-3DGalp[6S]b1-4[LFucpa1-3]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5][a2112h-1b_1-5_6*OSO/3=O/3=O][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O]/1-2-3-4/a3-b1_a4-c1_c3-d2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}[(4+1)][b-D-Galp6SO3]{[(3+2)][a-D-Neup5Ac]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-0D8 / 3-aminopropan-1-ol / 3-アミノ-1-プロパノ-ル


分子量: 75.110 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H9NO

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1222D 1H-13C HSQC aliphatic
1322D 1H-13C HSQC aromatic
1423D HNCA
1523D HN(CA)CB
1623D CBCA(CO)NH
1723D HNCO
1823D HN(CO)CA
1933D (H)CCH-TOCSY
11023D 1H-15N NOESY
11142D 1H-1H NOESY
11223D 1H-13C NOESY aliphatic
11323D 1H-13C NOESY aromatic
11442D 1H-1H TOCSY
11532D 13C F2-filtered NOESY
11632D 13C F1-filtered TOCSY
11722D 13C F1-filtered TOCSY
21832D 13C F1-filtered F2-filtered NOESY
21933D 13C F1-edited F3-filtered NOESY
22012D 13C/15N F2-filtered NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.7-1.2 mM [U-100% 15N] Siglec, 20 mM potassium phosphate, 40 mM sodium chloride, 0.7-2.4 mM SUGAR (5-MER), 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
20.3-1.2 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Siglec, 20 mM potassium phosphate, 40 mM sodium chloride, 0.7-2.4 mM SUGAR (5-MER), 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
30.3-1.2 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Siglec, 20 mM potassium phosphate, 40 mM sodium chloride, 0.7-2.4 mM SUGAR (5-MER), 100% D2O100% D2O
40.3-1.2 mM [U-100% 15N] Siglec, 20 mM potassium phosphate, 40 mM sodium chloride, 0.7-2.4 mM SUGAR (5-MER), 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)単位構成要素Isotopic labelingConc. range (mg/ml)Solution-ID
mMSiglec-8-1[U-100% 15N]0.7-1.21
20 mMpotassium phosphate-21
40 mMsodium chloride-31
mMSUGAR (5-MER)-40.7-2.41
mMSiglec-8-5[U-100% 13C; U-100% 15N]0.3-1.22
20 mMpotassium phosphate-62
40 mMsodium chloride-72
mMSUGAR (5-MER)-80.7-2.42
mMSiglec-8-9[U-100% 13C; U-100% 15N]0.3-1.23
20 mMpotassium phosphate-103
40 mMsodium chloride-113
mMSUGAR (5-MER)-120.7-2.43
mMSiglec-8-13[U-100% 15N]0.3-1.24
20 mMpotassium phosphate-144
40 mMsodium chloride-154
mMSUGAR (5-MER)-160.7-2.44
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
10.092 7.4 ambient 293 K
20.092 7.4 ambient 303 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE5001
Bruker AvanceBrukerAVANCE6002
Bruker AvanceBrukerAVANCE7003
Bruker AvanceBrukerAVANCE7504
Bruker AvanceBrukerAVANCE9005

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin3Bruker Biospincollection
TopSpin3Bruker Biospinデータ解析
TopSpin3Bruker Biospin解析
Sparky3.114Goddardchemical shift assignment
Sparky3.114Goddardデータ解析
ATNOS/CANDID2.1Herrmann, Guntert and Wuthrichpeak picking
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
TALOS+Cornilescu, Delaglio and Baxprotein backbone torsion angle prediction from nmr chemical shifts
ProcheckNMRv.3.5.4Laskowski and MacArthur構造検証
Amber12Case, D.A. et al.精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 500 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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