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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2n3b | ||||||
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タイトル | Structure of oxidized horse heart cytochrome c encapsulated in reverse micelles | ||||||
要素 | Cytochrome cシトクロムc | ||||||
キーワード | ELECTRON TRANSPORT (電子伝達系) / reverse micelle / structural water / paramagnetic (常磁性) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cytochrome c-heme linkage / cytochrome complex / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / respirasome / ミトコンドリア / electron transfer activity / positive regulation of apoptotic process ...cytochrome c-heme linkage / cytochrome complex / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / respirasome / ミトコンドリア / electron transfer activity / positive regulation of apoptotic process / lipid binding / apoptotic process / heme binding / identical protein binding / metal ion binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Equus caballus (ウマ) | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
Model details | closest to the average, model9 | ||||||
データ登録者 | O'Brien, E.S. / Nucci, N.V. / Fuglestad, B. / Tommos, C. / Wand, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015 タイトル: Defining the Apoptotic Trigger: THE INTERACTION OF CYTOCHROME c AND CARDIOLIPIN. 著者: O'Brien, E.S. / Nucci, N.V. / Fuglestad, B. / Tommos, C. / Wand, A.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2n3b.cif.gz | 1.1 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2n3b.ent.gz | 947.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2n3b.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n3/2n3b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n3/2n3b | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11725.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Equus caballus (ウマ) / 遺伝子: CYCS, CYC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): (DE3) / 参照: UniProt: P00004 |
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#2: 化合物 | ChemComp-HEC / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 |
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試料 |
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試料状態 | pH: 7.4 / 圧: ambient / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: Avance / 磁場強度: 500 MHz |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 | |||||||||||||||||||||||||||
NMR constraints | NOE constraints total: 2054 / NOE intraresidue total count: 441 / NOE long range total count: 291 / NOE medium range total count: 280 / NOE sequential total count: 427 / Protein phi angle constraints total count: 72 / Protein psi angle constraints total count: 73 | |||||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: closest to the average | |||||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 1000 / 登録したコンフォーマーの数: 32 / Maximum lower distance constraint violation: 0 Å / Maximum torsion angle constraint violation: 1.917 ° / Maximum upper distance constraint violation: 0.287 Å | |||||||||||||||||||||||||||
NMR ensemble rms | Distance rms dev: 0.0302 Å |