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- PDB-2n3a: Solution structure of LEDGF/p75 IBD in complex with POGZ peptide ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2n3a
タイトルSolution structure of LEDGF/p75 IBD in complex with POGZ peptide (1389-1404)
要素
  • PC4 and SFRS1-interacting protein
  • Pogo transposable element with ZNF domain
キーワードPROTEIN BINDING (タンパク質) / LEDGF/p75 / PogZ / H3K36me3
機能・相同性
機能・相同性情報


kinetochore assembly / supercoiled DNA binding / mitotic sister chromatid cohesion / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / 2-LTR circle formation / Vpr-mediated nuclear import of PICs / Integration of provirus / APOBEC3G mediated resistance to HIV-1 infection ...kinetochore assembly / supercoiled DNA binding / mitotic sister chromatid cohesion / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / 2-LTR circle formation / Vpr-mediated nuclear import of PICs / Integration of provirus / APOBEC3G mediated resistance to HIV-1 infection / mRNA 5'-splice site recognition / ヘテロクロマチン / nuclear periphery / double-strand break repair via homologous recombination / ユークロマチン / response to heat / DNA-binding transcription factor binding / response to oxidative stress / transcription coactivator activity / クロマチンリモデリング / 細胞分裂 / chromatin binding / クロマチン / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / RNA binding / 核質 / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
DDE superfamily endonuclease domain / HTH CenpB-type DNA-binding domain / DDE superfamily endonuclease / Tc5 transposase DNA-binding domain / CENPB-type HTH domain profile. / Putative DNA-binding domain in centromere protein B, mouse jerky and transposases. / Conserved domain common to transcription factors TFIIS, elongin A, CRSP70 / Lens epithelium-derived growth factor, integrase-binding domain / HIV integrase-binding domain superfamily / Lens epithelium-derived growth factor (LEDGF) ...DDE superfamily endonuclease domain / HTH CenpB-type DNA-binding domain / DDE superfamily endonuclease / Tc5 transposase DNA-binding domain / CENPB-type HTH domain profile. / Putative DNA-binding domain in centromere protein B, mouse jerky and transposases. / Conserved domain common to transcription factors TFIIS, elongin A, CRSP70 / Lens epithelium-derived growth factor, integrase-binding domain / HIV integrase-binding domain superfamily / Lens epithelium-derived growth factor (LEDGF) / Transcription Elongation Factor S-II; Chain A / TFIIS/LEDGF domain superfamily / domain with conserved PWWP motif / PWWP domain / PWWP domain profile. / PWWP domain / ジンクフィンガー / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type / Homeobox-like domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PC4 and SFRS1-interacting protein / Pogo transposable element with ZNF domain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics, molecular dynamics
データ登録者Tesina, P. / Cermakova, K. / Horejsi, M. / Prochazkova, K. / Fabry, M. / Sharma, S. / Christ, F. / Demeulemeester, J. / Debyser, Z. / De Rijck, J. ...Tesina, P. / Cermakova, K. / Horejsi, M. / Prochazkova, K. / Fabry, M. / Sharma, S. / Christ, F. / Demeulemeester, J. / Debyser, Z. / De Rijck, J. / Veverka, V. / Rezacova, P.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015
タイトル: Multiple cellular proteins interact with LEDGF/p75 through a conserved unstructured consensus motif.
著者: Tesina, P. / Cermakova, K. / Horejsi, M. / Prochazkova, K. / Fabry, M. / Sharma, S. / Christ, F. / Demeulemeester, J. / Debyser, Z. / Rijck, J.D. / Veverka, V. / Rezacova, P.
履歴
登録2015年5月26日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pogo transposable element with ZNF domain
B: PC4 and SFRS1-interacting protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,1812
ポリマ－11,1812
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area830 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area6920 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)29 / 100structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Pogo transposable element with ZNF domain / Suppressor of hairy wing homolog 5 / Zinc finger protein 280E / Zinc finger protein 635


分子量: 1825.748 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1389-1404 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q7Z3K3
#2: タンパク質 PC4 and SFRS1-interacting protein / CLL-associated antigen KW-7 / Dense fine speckles 70 kDa protein / DFS 70 / Lens epithelium-derived ...CLL-associated antigen KW-7 / Dense fine speckles 70 kDa protein / DFS 70 / Lens epithelium-derived growth factor / Transcriptional coactivator p75/p52


分子量: 9355.052 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 348-426 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PSIP1, DFS70, LEDGF, PSIP2 / プラスミド: pET / 参照: UniProt: O75475

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D HN(CA)CB
1313D CBCA(CO)NH
1413D (H)CCH-TOCSY
1513D HNCO
1613D 1H-15N NOESY
1713D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細内容: 0.5 mM peptide, 0.5 mM [U-13C; U-15N] protein, 95% H2O/5% D2O
溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMpeptide-11
0.5 mMprotein-2[U-13C; U-15N]1
試料状態イオン強度: 125 / pH: 7.0 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
SparkyGoddardデータ解析
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
YASARAYASARA精密化
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
精密化手法: torsion angle dynamics, molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 29

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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