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- PDB-2n0d: NMR structure of Neuromedin C in 25% TFE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2n0d
タイトルNMR structure of Neuromedin C in 25% TFE
要素Neuromedin C (NMC)
キーワードHORMONE (ホルモン) / Neuropeptide / Feeding regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of voltage-gated sodium channel activity / cellular response to sodium phosphate / response to external biotic stimulus / positive regulation of respiratory gaseous exchange / negative regulation of voltage-gated potassium channel activity / positive regulation of behavioral fear response / psychomotor behavior / neuropeptide hormone activity / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell apoptotic process / mast cell degranulation ...negative regulation of voltage-gated sodium channel activity / cellular response to sodium phosphate / response to external biotic stimulus / positive regulation of respiratory gaseous exchange / negative regulation of voltage-gated potassium channel activity / positive regulation of behavioral fear response / psychomotor behavior / neuropeptide hormone activity / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell apoptotic process / mast cell degranulation / positive regulation of phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / neuronal dense core vesicle / positive regulation of peptide hormone secretion / social behavior / neuropeptide signaling pathway / Peptide ligand-binding receptors / 骨化 / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / G alpha (q) signalling events / 遺伝子発現の調節 / secretory granule lumen / neuron projection / signaling receptor binding / シグナル伝達 / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Bombesin/neuromedin-B/ranatensin peptide family / Bombesin-like peptide / Bombesin-like peptides family signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Gastrin-releasing peptide
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / distance geometry
データ登録者Adrover, M. / Sanchis, P. / Vilanova, B. / Pauwels, K. / Martorell, G. / Perez, J.
引用ジャーナル: RSC ADV / 年: 2015
タイトル: Conformational ensembles of neuromedin C reveal a progressive coil-helix transition within a binding-induced folding mechanism.
著者: Adrover, M. / Sanchis, P. / Vilanova, B. / Pauwels, K. / Martorell, G. / Perez, J.J.
履歴
登録2015年3月5日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月7日Group: Structure summary
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neuromedin C (NMC)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,1211
ポリマ－1,1211
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 20structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Neuromedin C (NMC) / GRP / Neuromedin-C / GRP-10


分子量: 1121.295 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 41-50 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P07492

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-1H TOCSY
1212D 1H-1H NOESY
1312D 1H-15N HSQC
1412D 1H-13C HSQC
1512D 1H-13C HSQC aromatic

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試料調製

詳細内容: 5.0 mM Neuromedin C, 10 mM sodium acetate, 1.6 mM DSS, 25% d-TFE, 10% D2O, 65% H2O
溶媒系: 25% d-TFE/10% D2O/65% H2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Solution-ID
5.0 mMNeuromedin C-11
10 mMsodium acetate-21
1.6 mMDSS-31
試料状態イオン強度: 0.01 / pH: 4.0 / 圧: ambient / 温度: 288 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
XEASYBartels et al.peak picking
XEASYBartels et al.chemical shift assignment
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichgeometry optimization
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
精密化手法: distance geometry / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 116 / NOE intraresidue total count: 91 / NOE long range total count: 0 / NOE medium range total count: 2 / NOE sequential total count: 23
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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