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- PDB-2mjh: Solution structure of the GLD-1 RNA-binding domain in complex with RNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mjh
タイトルSolution structure of the GLD-1 RNA-binding domain in complex with RNA
要素
  • 5'-CUACUCAUAU-3'
  • Female germline-specific tumor suppressor gld-1
キーワードRNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質) / GLD-1 / KH-QUA2 domain / STAR protein family (恒星) / RNA regulation / tra-2
機能・相同性
機能・相同性情報


oocyte fate determination / positive regulation of female gonad development / regulation of germ cell proliferation / negative regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / positive regulation of oocyte development / P granule / regulation of mRNA splicing, via spliceosome / post-transcriptional regulation of gene expression / oogenesis / meiotic cell cycle ...oocyte fate determination / positive regulation of female gonad development / regulation of germ cell proliferation / negative regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / positive regulation of oocyte development / P granule / regulation of mRNA splicing, via spliceosome / post-transcriptional regulation of gene expression / oogenesis / meiotic cell cycle / mRNA 3'-UTR binding / mRNA 5'-UTR binding / 遺伝子発現の調節 / single-stranded RNA binding / negative regulation of translation / negative regulation of gene expression / mRNA binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
STAR protein, homodimerisation region / Homodimerisation region of STAR domain protein / KH domain-containing BBP-like / K Homology domain, type 1 / KHドメイン / K Homology domain, type 1 / Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 / K Homology domain, type 1 superfamily / KHドメイン / K homology RNA-binding domain ...STAR protein, homodimerisation region / Homodimerisation region of STAR domain protein / KH domain-containing BBP-like / K Homology domain, type 1 / KHドメイン / K Homology domain, type 1 / Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 / K Homology domain, type 1 superfamily / KHドメイン / K homology RNA-binding domain / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
リボ核酸 / Female germline-specific tumor suppressor gld-1
類似検索 - 構成要素
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailsclosest to the average, model15
データ登録者Daubner, G.M. / Allain, F.H.-T.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2014
タイトル: Structural and functional implications of the QUA2 domain on RNA recognition by GLD-1.
著者: Daubner, G.M. / Brummer, A. / Tocchini, C. / Gerhardy, S. / Ciosk, R. / Zavolan, M. / Allain, F.H.
履歴
登録2014年1月9日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年5月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年7月2日Group: Database references
改定 1.22014年7月30日Group: Database references
改定 1.32018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.42023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.52024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Female germline-specific tumor suppressor gld-1
B: 5'-CUACUCAUAU-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,1582
ポリマ－19,1582
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2830 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area10370 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 250Lowest energy and NOE violations
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Female germline-specific tumor suppressor gld-1 / Defective in germ line development protein 1


分子量: 16075.546 Da / 分子数: 1 / 断片: KH-QUA2 domain of GLD-1, UNP residues 195-336 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
解説: Purification via the IMPACT system (NEB) that results in the protein without any additional residues
遺伝子: gld-1, T23G11.3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q17339
#2: RNA鎖 5'-CUACUCAUAU-3'


分子量: 3082.868 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1242D 1H-13C HSQC
1323D HNCA
1423D HN(CO)CA
1523D HNCO
1623D HN(CA)CO
1723D CBCA(CO)NH
1823D (H)CCH-TOCSY
1913D 1H-15N NOESY
11023D 1H-13C NOESY
11132D 1H-1H TOCSY
11232D 1H-1H NOESY
11332D F1f F2f 1H-1H NOESY
11412D 1H-13C HSQC
11542D F2f 1H-1H NOESY
11643D F1f F2e 1H-1H NOESY
1171Long-range 1H-15N HSQC
11813D HNHA
11962D 1H-15N IPAP HSQC
12052D 1H-13C HSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.45 mM [U-15N] GLD-1 (aa 195-336), 0.45 mM 5'-CUACUCAUAU-3', 50 mM sodium chloride, 20 mM sodium phosphate, 3 mM DTT, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.45 mM [U-13C; U-15N] GLD-1 (aa 195-336), 0.45 mM 5'-CUACUCAUAU-3', 50 mM sodium chloride, 20 mM sodium phosphate, 3 mM DTT, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
30.45 mM [U-15N] GLD-1 (aa 195-336), 0.45 mM 5'-CUACUCAUAU-3', 50 mM sodium chloride, 20 mM sodium phosphate, 3 mM DTT, 100% D2O100% D2O
40.45 mM [U-13C; U-15N] GLD-1 (aa 195-336), 0.45 mM 5'-CUACUCAUAU-3', 50 mM sodium chloride, 20 mM sodium phosphate, 3 mM DTT, 100% D2O100% D2O
50.45 mM [U-10% 13C; U-100% 15N] GLD-1 (aa 195-336), 0.45 mM 5'-CUACUCAUAU-3', 50 mM sodium chloride, 20 mM sodium phosphate, 3 mM DTT, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
60.45 mM [U-15N] GLD-1 (aa 195-336), 0.45 mM 5'-CUACUCAUAU-3', 50 mM sodium chloride, 20 mM sodium phosphate, 3 mM DTT, 14 mg/mL Pf1 phage, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.45 mMGLD-1 (aa 195-336)-1[U-15N]1
0.45 mM5'-CUACUCAUAU-3'-21
50 mMsodium chloride-31
20 mMsodium phosphate-41
3 mMDTT-51
0.45 mMGLD-1 (aa 195-336)-6[U-13C; U-15N]2
0.45 mM5'-CUACUCAUAU-3'-72
50 mMsodium chloride-82
20 mMsodium phosphate-92
3 mMDTT-102
0.45 mMGLD-1 (aa 195-336)-11[U-15N]3
0.45 mM5'-CUACUCAUAU-3'-123
50 mMsodium chloride-133
20 mMsodium phosphate-143
3 mMDTT-153
0.45 mMGLD-1 (aa 195-336)-16[U-13C; U-15N]4
0.45 mM5'-CUACUCAUAU-3'-174
50 mMsodium chloride-184
20 mMsodium phosphate-194
3 mMDTT-204
0.45 mMGLD-1 (aa 195-336)-21[U-10% 13C; U-100% 15N]5
0.45 mM5'-CUACUCAUAU-3'-225
50 mMsodium chloride-235
20 mMsodium phosphate-245
3 mMDTT-255
0.45 mMGLD-1 (aa 195-336)-26[U-15N]6
0.45 mM5'-CUACUCAUAU-3'-276
50 mMsodium chloride-286
20 mMsodium phosphate-296
3 mMDTT-306
14 mg/mLPf1 phage-316
試料状態イオン強度: 0.17 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 303 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE5001
Bruker AvanceBrukerAVANCE6002
Bruker AvanceBrukerAVANCE7003
Bruker AvanceBrukerAVANCE7504
Bruker AvanceBrukerAVANCE9005

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Amber9Case, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman精密化
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
Sparky3.114Goddardchemical shift assignment
TopSpin3Bruker Biospincollection
TALOS+Cornilescu, Delaglio and Baxcollection
ProcheckNMR3.5.4Laskowski and MacArthurデータ解析
ATNOSCANDID2.1Herrmann, Guntert and Wuthrichpeak picking
PALES2.1Zweckstetter, Hummer and Baxデータ解析
WHAT IF10.1.1Vriendデータ解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 / 詳細: ff99SB force-field/ implicit water
NMR constraintsNOE constraints total: 2899 / NOE intraresidue total count: 669 / NOE long range total count: 609 / NOE medium range total count: 628 / NOE sequential total count: 841
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: Lowest energy and NOE violations
計算したコンフォーマーの数: 250 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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