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万見
- PDB-2miz: Structure of the m04/gp34 mouse Cytomegalovirus Immunoevasin core... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2miz
タイトルStructure of the m04/gp34 mouse Cytomegalovirus Immunoevasin core domain
要素m04 immunoevasin
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / MHC class-I regulation / Immunoglobulin-like fold / Natural Killer decoy / missing-self / Rosetta modelling / ILV labelling / Residual Dipolar Couplings
機能・相同性Immunoglobulin-like - #2900 / Gp34-like superfamily / Immune evasion protein / Immune evasion protein / membrane => GO:0016020 / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta / M04 immunoevasin
機能・相同性情報
生物種Murine cytomegalovirus (ヘルペスウイルス)
手法溶液NMR / RASREC
Model detailslowest Rosetta energy, model1
データ登録者Sgourakis, N.G. / Natarajan, K. / Margulies, D.H. / Bax, A.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2014
タイトル: The Structure of Mouse Cytomegalovirus m04 Protein Obtained from Sparse NMR Data Reveals a Conserved Fold of the m02-m06 Viral Immune Modulator Family.
著者: Sgourakis, N.G. / Natarajan, K. / Ying, J. / Vogeli, B. / Boyd, L.F. / Margulies, D.H. / Bax, A.
履歴
登録2013年12月21日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月22日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: m04 immunoevasin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,8001
ポリマ－22,8001
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 10000target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 m04 immunoevasin


分子量: 22799.732 Da / 分子数: 1 / 変異: I66V / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Murine cytomegalovirus (ヘルペスウイルス)
株: K181 / 遺伝子: m04 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A2Q6L0

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N TROSY-HSQC
1213D HNCA
1313D HN(CA)CB
1413D HNCO
1513D HN(CA)CO
2642D 1H-15N ARTSY
1732D 1H-15N ARTSY
1853D 1H-13C NOESY aliphatic (HCH)
1953D 1H-13C NOESY aliphatic (CCH)
11052D 1H-13C HMQC methyl
11153D 1H-15N NOESY (HCH)
11253D 1H-15N NOESY (HCN)
11363D 1H-15N NOESY (HNH)
11463D 1H-15N NOESY (NNH)
1152SIM-HMCM(CGCBCA)CO
1162HMCM(CG)CBCA

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
120mM mM sodium phosphate, 5 % [U-99% 2H] D2O, 50 mM sodium chloride, 0.2-0.5 mM [U-13C; U-15N; U-2H] protein, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
220mM mM sodium phosphate, 5 % [U-99% 2H] D2O, 50 mM sodium chloride, 0.2-0.5 mM [U-13C; U-15N; U-2H; ILVmethyl-1H] protein, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
320mM mM sodium phosphate, 5 % [U-99% 2H] D2O, 50 mM sodium chloride, 0.2-0.5 mM [U-15N; U-2H] protein, 5.5 % Ac/Bis-Ac, 20 % DADMAC, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
420mM mM sodium phosphate, 5 % [U-99% 2H] D2O, 200 mM sodium chloride, 0.2-0.5 mM [U-15N; U-2H] protein, 7.5 % Pf1 phage, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
520mM mM sodium phosphate, 5 % [U-99% 2H] D2O, 50 mM sodium chloride, 0.2-0.5 mM [ILVmethyl-13C; U-15N; U-2H; ILVmethyl-1H] protein, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
620mM mM sodium phosphate, 5 % [U-99% 2H] D2O, 50 mM sodium chloride, 0.2-0.5 mM [U-15N; U-2H] protein, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)単位構成要素Isotopic labelingConc. range (mg/ml)Solution-ID
20 mMsodium phosphate-11
5 %D2O-2[U-99% 2H]1
50 mMsodium chloride-31
mMentity-4[U-13C; U-15N; U-2H]0.2-0.51
20 mMsodium phosphate-52
5 %D2O-6[U-99% 2H]2
50 mMsodium chloride-72
mMentity-8[U-13C; U-15N; U-2H; ILVmethyl-1H]0.2-0.52
20 mMsodium phosphate-93
5 %D2O-10[U-99% 2H]3
50 mMsodium chloride-113
mMentity-12[U-15N; U-2H]0.2-0.53
5.5 %Ac/Bis-Ac-133
20 %DADMAC-143
20 mMsodium phosphate-154
5 %D2O-16[U-99% 2H]4
200 mMsodium chloride-174
mMentity-18[U-15N; U-2H]0.2-0.54
7.5 %Pf1 phage-194
20 mMsodium phosphate-205
5 %D2O-21[U-99% 2H]5
50 mMsodium chloride-225
mMentity-23[ILVmethyl-13C; U-15N; U-2H; ILVmethyl-1H]0.2-0.55
20 mMsodium phosphate-246
5 %D2O-25[U-99% 2H]6
50 mMsodium chloride-266
mMentity-27[U-15N; U-2H]0.2-0.56
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
10.110 6.5 ambient 285 K
20.260 6.5 ambient 285 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAvance9001
Bruker AvanceBrukerAvance6002
Bruker AvanceBrukerAvance8003
Bruker AvanceBrukerAvance6004

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
nmrPipeDelaglio, Zhengrong and Baxデータ解析
sparkyGoddardchemical shift assignment
TOPSPIN3.1Bruker Biospincollection
CS-Rosetta3Shen, Vernon, Baker and Bax構造決定
CS-Rosetta精密化
精密化手法: RASREC / ソフトェア番号: 1
詳細: The high degree of order obtained for residues 21-22 and 175-176 in the deposited ensemble is inconsistent with the chemical shift-derived order parameters (<0.7) that suggest some residual mobility for these residues
NMR constraintsNOE constraints total: 67 / NOE intraresidue total count: 0 / NOE long range total count: 67 / NOE medium range total count: 0 / NOE sequential total count: 0
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 10000 / 登録したコンフォーマーの数: 10 / Maximum lower distance constraint violation: 1.5 Å / Maximum upper distance constraint violation: 4 Å
NMR ensemble rmsDistance rms dev: 0 Å / Distance rms dev error: 0 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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