+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2mg1 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | NMR assignment and structure of a peptide derived from the trans-membrane region of HIV-1 gp41 in the presence of hexafluoroisopropanol | ||||||
要素 | Transmembrane protein gp41膜貫通型タンパク質 | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / HIV-1 gp41 protein / transmembrane domain (膜貫通型ドメイン) / VIRAL ENTRY (ウイルス侵入) / MEMBRANE FUSION GLYCOPROTEIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Synthesis and processing of ENV and VPU / evasion of host immune response / Alpha-defensins / Dectin-2 family / Binding and entry of HIV virion / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / actin filament organization ...Synthesis and processing of ENV and VPU / evasion of host immune response / Alpha-defensins / Dectin-2 family / Binding and entry of HIV virion / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / actin filament organization / Assembly Of The HIV Virion / Budding and maturation of HIV virion / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) | ||||||
手法 | 溶液NMR / torsion angle dynamics, molecular dynamics | ||||||
Model details | lowest energy, model1 | ||||||
データ登録者 | Serrano, S. / Apellaniz, B. / Huarte, N.L. / Nieva, J.L. / Jimenez, M.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015 タイトル: The Atomic Structure of the HIV-1 gp41 Transmembrane Domain and Its Connection to the Immunogenic Membrane-proximal External Region. 著者: Apellaniz, B. / Rujas, E. / Serrano, S. / Morante, K. / Tsumoto, K. / Caaveiro, J.M. / Jimenez, M.A. / Nieva, J.L. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2mg1.cif.gz | 186 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb2mg1.ent.gz | 156 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2mg1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mg/2mg1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mg/2mg1 | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||
NMR アンサンブル |
|
-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3006.928 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 参照: UniProt: P04578 |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
NMR実験 |
|
-試料調製
詳細 | 内容: 0.5 mM TMDp, 67.5 % H2O, 7.5 % [U-100% 2H] D2O, 25 % hexafluoroisopropanol, 2 mM HEPES, 0.1 mM DSS, hexafluoroisopropanol/water 溶媒系: hexafluoroisopropanol/water | ||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
試料 |
| ||||||||||||||||||||||||||||
試料状態 | イオン強度: 2 / pH: 7.0 / 圧: ambient / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz |
---|
-解析
NMR software |
| |||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 手法: torsion angle dynamics, molecular dynamics / ソフトェア番号: 1 | |||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | |||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |