[日本語] English
万見
- PDB-2m4k: Solution structure of the delta subunit of RNA polymerase from Ba... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2m4k
タイトルSolution structure of the delta subunit of RNA polymerase from Bacillus subtilis
要素DNA-directed RNA polymerase subunit deltaポリメラーゼ
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / delta subunit (デルタ) / RNA polymerase (RNAポリメラーゼ)
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
RNA polymerase, subunit delta, N-terminal domain / DNA-directed RNA polymerase subunit delta / DNA-directed RNA polymerase subunit delta, N-terminal domain superfamily / ASXL, HARE-HTH domain / HB1, ASXL, restriction endonuclease HTH domain / HARE-type HTH domain profile. / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-directed RNA polymerase subunit delta
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis subsp. subtilis (枯草菌)
手法溶液NMR / molecular dynamics, simulated annealing
Model detailsfewest violations, model 1
データ登録者Papouskova, V. / Novacek, J. / Kaderavek, P. / Zidek, L. / Rabatinova, A. / Sanderova, H. / Krasny, L. / Sklenar, V.
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2013
タイトル: Structural Study of the Partially Disordered Full-Length delta Subunit of RNA Polymerase from Bacillus subtilis.
著者: Papouskova, V. / Kaderavek, P. / Otrusinova, O. / Rabatinova, A. / Sanderova, H. / Novacek, J. / Krasny, L. / Sklenar, V. / Zidek, L.
履歴
登録2013年2月7日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月12日Group: Structure summary
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: DNA-directed RNA polymerase subunit delta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,2871
ポリマ－20,2871
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 300structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1fewest violations

-
要素

#1: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit delta / ポリメラーゼ / RNAP delta factor


分子量: 20286.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: rpoE, BSU37160 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P12464

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D CBCA(CO)NH
1313D HN(CA)CB
1413D HNCA
1513D HN(CO)CA
1613D HNCO
1713D (H)CCH-TOCSY
1813D 1H-13C NOESY aliphatic
1913D 1H-13C NOESY aromatic
11013D 1H-15N NOESY
11112D CON
11213D CBCACON
11313D CBCANCO
11413D HNCO
11515D HN CA CONH
11615D HabCabCONH
11715D H CCtocsy CONH
11812D 13C-coupled 1H-13C HSQC

-
試料調製

詳細内容: 10 % [U-100% 2H] D2O, 10 mM sodium chloride, 50 uM sodium azide, 20 mM sodium phosphate, 90 % H2O, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
10 %D2O-1[U-100% 2H]1
10 mMsodium chloride-21
50 uMsodium azide-31
20 mMsodium phosphate-41
90 %H2O-51
試料状態イオン強度: 10 / pH: 6.6 / 圧: ambient / 温度: 300 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE6001
Varian Uniform NMR SystemVarianUniform NMR System7002

-
解析

NMR software
名称開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
SparkyGoddardpeak picking
SparkyGoddardchemical shift assignment
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
CINGVuister GW構造検証
精密化手法: molecular dynamics, simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 2520 / Protein other angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 64 / Protein psi angle constraints total count: 64
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 300 / 登録したコンフォーマーの数: 20

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る