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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2lmf | ||||||
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タイトル | Solution structure of human LL-23 bound to membrane-mimetic micelles | ||||||
要素 | Antibacterial protein LL-37抗生物質 | ||||||
キーワード | ANTIMICROBIAL PROTEIN (抗微生物ペプチド) / antimicrobial and innate immune modulating peptide | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cytolysis / killing by host of symbiont cells / specific granule / cellular response to peptidoglycan / 好中球 / cellular response to interleukin-6 / 抗微生物ペプチド / cellular response to interleukin-1 / innate immune response in mucosa / cell projection ...cytolysis / killing by host of symbiont cells / specific granule / cellular response to peptidoglycan / 好中球 / cellular response to interleukin-6 / 抗微生物ペプチド / cellular response to interleukin-1 / innate immune response in mucosa / cell projection / lipopolysaccharide binding / specific granule lumen / positive regulation of angiogenesis / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / tertiary granule lumen / cellular response to tumor necrosis factor / antibacterial humoral response / cellular response to lipopolysaccharide / defense response to Gram-negative bacterium / amyloid fibril formation / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / positive regulation of protein phosphorylation / 自然免疫系 / Neutrophil degranulation / positive regulation of cell population proliferation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
Model details | lowest energy, model 20 | ||||||
データ登録者 | Wang, G. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012 タイトル: Structure, Dynamics, and Antimicrobial and Immune Modulatory Activities of Human LL-23 and Its Single-Residue Variants Mutated on the Basis of Homologous Primate Cathelicidins. 著者: Wang, G. / Elliott, M. / Cogen, A.L. / Ezell, E.L. / Gallo, R.L. / Hancock, R.E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2lmf.cif.gz | 163.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2lmf.ent.gz | 136.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2lmf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lm/2lmf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lm/2lmf | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2831.405 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 134-156 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P49913 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | 内容: 2 mM LL, 100% D2O / 溶媒系: 100% D2O |
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試料 | 濃度: 2 mM / 構成要素: LL-23-1 |
試料状態 | イオン強度: unbuffered / pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 310 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 | |||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | |||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |