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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6rzc | ||||||
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タイトル | Winter flounder 4 in SDS micelles | ||||||
要素 | Pleurocidin-like peptide WF4 | ||||||
キーワード | ANTIMICROBIAL PROTEIN (抗微生物ペプチド) / winter flounder / AMP / antimicrobial peptide (抗微生物ペプチド) / cationic (イオン) | ||||||
機能・相同性 | Pleurocidin / Pleurocidin family / defense response to bacterium / extracellular region / Pleurocidin-like peptide WF4 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Pseudopleuronectes americanus (魚類) | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
データ登録者 | Mason, A.J. / Clarke, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Winter flounder 4 in SDS micelles 著者: Clarke, M. / Mason, A.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6rzc.cif.gz | 738 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6rzc.ent.gz | 472.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6rzc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rz/6rzc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rz/6rzc | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2773.163 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Pseudopleuronectes americanus (魚類) / 参照: UniProt: Q90ZX8 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | タイプ: micelle 内容: 0.5 mM NA Peptide, 50 mM U-98%, D25-SDS SDS, 0.005 % w/w NA TSP, 90% H2O/10% D2O Label: Winter flounder 4 / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O | ||||||||||||||||
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試料 |
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試料状態 | イオン強度: 0.5 mM WF4 mM / Label: WF4 / pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 5 | ||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 1000 / 登録したコンフォーマーの数: 100 |