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万見
- PDB-2l98: Structure of trans-Resveratrol in complex with the cardiac regula... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2l98
タイトルStructure of trans-Resveratrol in complex with the cardiac regulatory protein Troponin C
要素Troponin C, slow skeletal and cardiac musclesトロポニンC
キーワードCONTRACTILE PROTEIN / structural protein (タンパク質) / metal binding protein / antioxidant (抗酸化物質)
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of muscle filament sliding speed / troponin T binding / diaphragm contraction / regulation of ATP-dependent activity / cardiac Troponin complex / トロポニン / regulation of muscle contraction / transition between fast and slow fiber / Striated Muscle Contraction / response to metal ion ...regulation of muscle filament sliding speed / troponin T binding / diaphragm contraction / regulation of ATP-dependent activity / cardiac Troponin complex / トロポニン / regulation of muscle contraction / transition between fast and slow fiber / Striated Muscle Contraction / response to metal ion / myosin II complex / ventricular cardiac muscle tissue morphogenesis / troponin I binding / skeletal muscle contraction / cardiac muscle contraction / calcium-dependent protein binding / actin filament binding / calcium ion binding / protein homodimerization activity / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
EFハンド / EF-hand domain pair / EFハンド / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain ...EFハンド / EF-hand domain pair / EFハンド / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
レスベラトロール / Troponin C, slow skeletal and cardiac muscles
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / water refinement
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Sykes, B.D. / Pineda-Sanabria, S.E. / Robertson, I.M.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2011
タイトル: Structure of trans-Resveratrol in Complex with the Cardiac Regulatory Protein Troponin C.
著者: Pineda-Sanabria, S.E. / Robertson, I.M. / Sykes, B.D.
履歴
登録2011年2月2日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年3月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Troponin C, slow skeletal and cardiac muscles
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,6784
ポリマ－8,3691
非ポリマー3083
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Troponin C, slow skeletal and cardiac muscles / トロポニンC / TN-C


分子量: 8369.205 Da / 分子数: 1 / 断片: EF-hand domains 3 and 4, residues 91-161 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNNC, TNNC1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 (de3) Plyss / 参照: UniProt: P63316
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-STL / RESVERATROL / レスベラト-ル / レスベラトロール


分子量: 228.243 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H12O3

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1111D 1H
1212D 1H-15N HSQC
1312D 1H-13C HSQC aliphatic
1422D 1H-1H NOESY
1522D 1H-1H ROESY
1612D 13C-15N filtered NOESY
1712D 13C edited/filtered NOESY-HSQC
2813D 13C edited/filtered HMQC-NOESY
1922D 1H-1H NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CcTnC, 2.0 mM RESVERATROL, 10.0 mM CALCIUM ION, 6-8 mM TCEP, 0.5 mM [U-99% 2H] DSS, 100 mM potassium chloride, 10 mM imidazole, 100% H2O100% H2O
20.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CcTnC, 2.0 mM RESVERATROL, 10.0 mM CALCIUM ION, 6-8 mM TCEP, 0.5 mM [U-99% 2H] DSS, 100 mM potassium chloride, 8 mM imidazole, 2 mM [U-2H] imidazole, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)単位構成要素Isotopic labelingConc. range (mg/ml)Solution-ID
0.5 mMCcTnC-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
2.0 mMRESVERATROL-21
10.0 mMCALCIUM ION-31
mMTCEP-46-81
0.5 mMDSS-5[U-99% 2H]1
100 mMpotassium chloride-61
10 mMimidazole-71
0.5 mMCcTnC-8[U-100% 13C; U-100% 15N]2
2.0 mMRESVERATROL-92
10.0 mMCALCIUM ION-102
mMTCEP-116-82
0.5 mMDSS-12[U-99% 2H]2
100 mMpotassium chloride-132
8 mMimidazole-142
2 mMimidazole-15[U-2H]2
試料状態
Conditions-IDpH圧 (kPa)温度 (K)
16.9 ambient 303 K
26.9 ambient 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA5001
Varian UnityVarianUNITY6002
Varian INOVAVarianINOVA8003

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解析

NMR software
名称開発者分類
VnmrJVariancollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRViewJohnson, One Moon Scientificデータ解析
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: water refinement / ソフトェア番号: 1
詳細: Refinement in explicit solvent with a water box edge length of 18.8 and inclusion of atomic charges
NMR constraintsNOE constraints total: 28 / NOE long range total count: 23 / NOE medium range total count: 5
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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