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- PDB-2kuc: Solution Structure of a putative disulphide-isomerase from Bacter... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kuc
タイトルSolution Structure of a putative disulphide-isomerase from Bacteroides thetaiotaomicron
要素Putative disulphide-isomerase
キーワードISOMERASE (異性化酵素) / structural genomics (構造ゲノミクス) / putative disulphide-isomerase / thioredoxin fold / PSI-2 / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC
機能・相同性
機能・相同性情報


isomerase activity
類似検索 - 分子機能
チオレドキシン / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative disulphide-isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
手法溶液NMR / simulating annealing
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Harris, R. / Foti, R. / Seidel, R.D. / Bonanno, J.B. / Freeman, J. / Bain, K.T. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Girvin, M.E. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution Structure of a putative disulphide-isomerase from Bacteroides thetaiotaomicron
著者: Harris, R. / Foti, R. / Seidel, R.D. / Bonanno, J.B. / Freeman, J. / Bain, K.T. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Girvin, M.E. / Almo, S.C.
履歴
登録2010年2月17日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22018年11月14日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.32021年2月10日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.42024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative disulphide-isomerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,8281
ポリマ－14,8281
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 20020 structures for lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Putative disulphide-isomerase


分子量: 14828.109 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 43-162 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
遺伝子: BT_3069 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8A386

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
11115N HSQC
12115N NOESY-HSQC
13213C HSQC
142aromatic 13C HSQC
15213C NOESY-HSQC
162aromatic 13C NOESY-HSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM [U-13C; U-15N] putative disulphide-isomerase, 150 mM sodium chloride, 20 mM sodium phosphate, 90 % H2O, 10 % D2O, 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
21 mM [U-13C; U-15N] putative disulphide-isomerase, 150 mM sodium chloride, 20 mM sodium phosphate, 100 % D2O, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMputative disulphide-isomerase-1[U-13C; U-15N]1
150 mMsodium chloride-21
20 mMsodium phosphate-31
90 %H2O-41
10 %D2O-51
1 mMputative disulphide-isomerase-6[U-13C; U-15N]2
150 mMsodium chloride-72
20 mMsodium phosphate-82
100 %D2O-92
試料状態イオン強度: 150mM NaCl / pH: 7.5 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian Inova / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software名称: CNS / 開発者: Brunger A. T. et.al. / 分類: 精密化
精密化手法: simulating annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: RECOORD scripts used - torsion angle dynamincs and refinement in a box of water refinement
NMR constraintsNOE constraints total: 2369 / NOE intraresidue total count: 621 / NOE long range total count: 641 / NOE medium range total count: 456 / NOE sequential total count: 596 / Hydrogen bond constraints total count: 64 / Protein phi angle constraints total count: 92 / Protein psi angle constraints total count: 92
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: 20 structures for lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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