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万見
- PDB-2kht: NMR Structure of human alpha defensin HNP-1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kht
タイトルNMR Structure of human alpha defensin HNP-1
要素Neutrophil defensin 1
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN (抗微生物ペプチド) / microcrystalline protein / human alpha defensin / Defensin (ディフェンシン) / Secreted (分泌) / Antibiotic (抗生物質) / Antiviral defense / Fungicide (殺菌剤 (農薬その他)) / Phosphoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


pore-forming activity / ディフェンシン / disruption of plasma membrane integrity in another organism / killing by host of symbiont cells / T cell chemotaxis / Alpha-defensins / defense response to protozoan / intracellular estrogen receptor signaling pathway / defense response to fungus / innate immune response in mucosa ...pore-forming activity / ディフェンシン / disruption of plasma membrane integrity in another organism / killing by host of symbiont cells / T cell chemotaxis / Alpha-defensins / defense response to protozoan / intracellular estrogen receptor signaling pathway / defense response to fungus / innate immune response in mucosa / Golgi lumen / 走化性 / azurophil granule lumen / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / antibacterial humoral response / collagen-containing extracellular matrix / defense response to virus / killing of cells of another organism / cellular response to lipopolysaccharide / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / 免疫応答 / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Mammalian defensins signature. / Alpha-defensin, C-terminal / Mammalian defensin / Defensin propeptide / Alpha-defensin propeptide / Alpha-defensin / Defensin propeptide / Beta/alpha-defensin, C-terminal / Defensin/corticostatin family
類似検索 - ドメイン・相同性
Neutrophil defensin 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法個体NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing, simulated annealing
Model detailsminimized average, model 1
データ登録者Zhang, Y. / Li, S. / Doherty, T.F. / Lubkowski, J. / Lu, W. / Li, J. / Barinka, C. / Hong, M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Resonance assignment and three-dimensional structure determination of a human alpha-defensin, HNP-1, by solid-state NMR.
著者: Zhang, Y. / Doherty, T. / Li, J. / Lu, W. / Barinka, C. / Lubkowski, J. / Hong, M.
履歴
登録2009年4月11日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年2月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年2月5日Group: Experimental preparation
改定 1.32020年2月26日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.42024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neutrophil defensin 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,4521
ポリマ－3,4521
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1minimized average

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Neutrophil defensin 1 / HNP-1 / HP-1 / HP1 / Defensin / alpha 1 / HP 1-56 / Neutrophil defensin 2 / HNP-2 / HP-2 / HP2


分子量: 3452.111 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 65-94 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DEF1, DEFA1, DEFA2, MRS / プラスミド: pGEX-2T / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P59665

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実験情報

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実験

実験手法: 個体NMR
詳細: HNP-1 structure determination through 2D & 3D CC and NC correlation experiments by solid state NMR.
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 13C-13C DARR 40 ms, 100 ms & 200 ms
1212D 15N-15N PDSD 3 s
2312D CM5RR 0.8 ms & 1.5 ms
2412D CHHC 200 us & 300 us
1513D 15N-13C-13C NCACX
1613D 15N-13C-13C NCOCX
2712D 15N-13C NCX

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試料調製

詳細内容: Polycrystalline sample grown from 60% w/v PEG400, 30 mM Cacodylate, 60 mM Lithium Sulfate
試料状態
Conditions-IDpH圧 (kPa)温度 (K)
16.5 1 atm268 K
26.5 1 atm253 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE6001
Bruker AvanceBrukerAVANCE9002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR NIH2.21Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
Sparky3.113Goddardchemical shift assignment
TopSpin1.3Bruker Biospin解析
UCSF-Chimera1.3Pettersen, E.F., Goddard, T.D., Huang, C.C., Couch, G.S., Greenblatt, D.M., Meng, E.C., and Ferrin, T.E精密化
精密化手法: DGSA-distance geometry simulated annealing, simulated annealing
ソフトェア番号: 1
NMR constraintsProtein chi angle constraints total count: 0 / Protein other angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 28 / Protein psi angle constraints total count: 28
代表構造選択基準: minimized average
NMRアンサンブルAverage torsion angle constraint violation: 12.41 °
コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 10 / Maximum lower distance constraint violation: 0.53 Å / Maximum torsion angle constraint violation: 22.622 ° / Maximum upper distance constraint violation: 2.68 Å / Torsion angle constraint violation method: TALOS
NMR ensemble rmsDistance rms dev: 0.58 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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