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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2k3x | ||||||
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タイトル | Solution structure of EAF3 chromo barrel domain | ||||||
要素 | Chromatin modification-related protein EAF3 | ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION REGULATOR / Eaf3 / Chromo barrel domain / Histone deacetylase (ヒストン脱アセチル化酵素) / methylated histones H3K36 and H3K4 / Chromatin regulator / DNA damage (DNA修復) / DNA repair (DNA修復) / Nucleus (Nucleus) / Phosphoprotein / Transcription (転写 (生物学)) / Transcription regulation | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nucleosome disassembly/reassembly complex / negative regulation of antisense RNA transcription / Rpd3S complex / regulation of RNA stability / DNA replication-dependent chromatin assembly / nucleosome disassembly / regulation of DNA-templated DNA replication initiation / NuA4 histone acetyltransferase complex / histone acetyltransferase complex / transcription elongation by RNA polymerase II ...nucleosome disassembly/reassembly complex / negative regulation of antisense RNA transcription / Rpd3S complex / regulation of RNA stability / DNA replication-dependent chromatin assembly / nucleosome disassembly / regulation of DNA-templated DNA replication initiation / NuA4 histone acetyltransferase complex / histone acetyltransferase complex / transcription elongation by RNA polymerase II / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / nucleosome assembly / DNA修復 / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
データ登録者 | Mer, G. / Xu, C. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2008 タイトル: Structural Basis for the Recognition of Methylated Histone H3K36 by the Eaf3 Subunit of Histone Deacetylase Complex Rpd3S. 著者: Xu, C. / Cui, G. / Botuyan, M.V. / Mer, G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2k3x.cif.gz | 717.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2k3x.ent.gz | 605.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2k3x.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k3/2k3x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k3/2k3x | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14103.966 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1 to 113 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: EAF3, YPR023C, YP9367.03C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q12432 |
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非ポリマーの詳細 | HIS RESIDUES HAVE HYDROGENS ONLY ON THE EPSILON NITROGEN |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 |
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試料 |
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試料状態 | イオン強度: 50 / pH: 6.7 / 圧: ambient / 温度: 300 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 | |||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | |||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |