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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2jw6 | |||||||||
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タイトル | Solution structure of the DEAF1 MYND domain | |||||||||
要素 | Deformed epidermal autoregulatory factor 1 homolog | |||||||||
キーワード | TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / zinc binding domain / Disease mutation / DNA-binding / Metal-binding / Nucleus (Nucleus) / Phosphorylation (リン酸化) / Secreted (分泌) / Transcription regulation / Zinc-finger (ジンクフィンガー) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of mammary gland epithelial cell proliferation / embryonic skeletal system development / germ cell development / anatomical structure morphogenesis / neural tube closure / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / 核小体 / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / transcription by RNA polymerase II / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific ...regulation of mammary gland epithelial cell proliferation / embryonic skeletal system development / germ cell development / anatomical structure morphogenesis / neural tube closure / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / 核小体 / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / transcription by RNA polymerase II / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / negative regulation of DNA-templated transcription / クロマチン / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular region / 核質 / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing, molecular dynamics | |||||||||
データ登録者 | Spadaccini, R. / Perrin, H. / Bottomley, M. / Ansieu, S. / Sattler, M. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008 タイトル: Retraction notice to "Structure and functional analysis of the MYND domain" [J. Mol. Biol. (2006) 358, 498-508]. 著者: Spadaccini, R. / Perrin, H. / Bottomley, M.J. / Ansieau, S. / Sattler, M. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006 タイトル: Structure and functional analysis of the MYND domain. 著者: Spadaccini, R. / Perrin, H. / Bottomley, M.J. / Ansieau, S. / Sattler, M. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2jw6.cif.gz | 144 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2jw6.ent.gz | 116.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2jw6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jw/2jw6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jw/2jw6 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 5878.600 Da / 分子数: 1 / 断片: mynd domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pet24d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O75398 |
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#2: 化合物 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | 内容: 0,4 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] mynd, 4 mM DTT, 20 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 90% H2O, 10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O | ||||||||||||||||||||
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試料 |
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試料状態 | イオン強度: 20mM phosphate, 100mM NaCl / pH: 6.8 / 圧: ambient atm / 温度: 295 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing, molecular dynamics / ソフトェア番号: 1 詳細: molecular dynamics The NMR ensemble has been refined in a shell of water molecules. refinement details can be found in the jrnl citation above and linge et al. structures were calculated with ...詳細: molecular dynamics The NMR ensemble has been refined in a shell of water molecules. refinement details can be found in the jrnl citation above and linge et al. structures were calculated with aria 1.2 in combination with cns. | ||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10 |