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- PDB-2juf: NMR solution structure of PARC CPH Domain. NESG Target HR3443B/SG... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2juf
タイトルNMR solution structure of PARC CPH Domain. NESG Target HR3443B/SGC-Toronto
要素p53-associated parkin-like cytoplasmic protein
キーワードGENE REGULATION (遺伝子発現の調節) / CPH domain / Structural Genomics Consortium / SGC / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG / Alternative splicing (選択的スプライシング) / ATP-binding / Coiled coil (コイルドコイル) / Cytoplasm (細胞質) / Metal-binding / Nucleotide-binding / Ubl conjugation / Ubl conjugation pathway / Zinc (亜鉛) / Zinc-finger (ジンクフィンガー) / PSI-2 / Protein Structure Initiative
機能・相同性
機能・相同性情報


cullin-RING ubiquitin ligase complex / regulation of mitotic nuclear division / microtubule cytoskeleton organization / ubiquitin protein ligase activity / Neddylation / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination / ubiquitin protein ligase binding / zinc ion binding / ATP binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
: / : / : / CPH domain / Mouse development and cellular proliferation protein Cullin-7 / IBR domain, a half RING-finger domain / APC10/DOC domain / Anaphase-promoting complex, subunit 10 (APC10) / DOC domain profile. / Anaphase-promoting complex, subunit 10 (APC10) ...: / : / : / CPH domain / Mouse development and cellular proliferation protein Cullin-7 / IBR domain, a half RING-finger domain / APC10/DOC domain / Anaphase-promoting complex, subunit 10 (APC10) / DOC domain profile. / Anaphase-promoting complex, subunit 10 (APC10) / IBR domain / In Between Ring fingers / TRIAD supradomain / TRIAD supradomain profile. / SH3 type barrels. - #30 / Cullin, conserved site / Cullin family signature. / Cullin / Cullin protein, neddylation domain / Cullin protein neddylation domain / Cullin, N-terminal / Cullin homology domain / Cullin homology domain superfamily / Cullin family / Cullin family profile. / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Galactose-binding-like domain superfamily / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / SH3 type barrels. / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / Ribosomal protein L2, domain 2 / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Roll / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Kaustov, L. / Liao, J.C.C. / Lemak, S. / Duan, S. / Muhandiram, R. / Karra, M. / Srisailam, S.H. / Sundstrom, M. / Weigelt, J. / Edwards, A.M. ...Kaustov, L. / Liao, J.C.C. / Lemak, S. / Duan, S. / Muhandiram, R. / Karra, M. / Srisailam, S.H. / Sundstrom, M. / Weigelt, J. / Edwards, A.M. / Dhe-Paganon, S. / Arrowsmith, C.H. / Structural Genomics Consortium (SGC) / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: NMR Solution Structure of PARC CPH Domain.
著者: Kaustov, L. / Liao, J.C.C. / Lemak, S. / Duan, S. / Muhandiram, R. / Karra, M. / Srisailam, S.H. / Sundstrom, M. / Weigelt, J. / Edwards, A.M. / Dhe-Paganon, S. / Arrowsmith, C.H.
履歴
登録2007年8月23日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: p53-associated parkin-like cytoplasmic protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,6221
ポリマ－11,6221
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 p53-associated parkin-like cytoplasmic protein / UbcH7-associated protein 1


分子量: 11621.732 Da / 分子数: 1 / 断片: CPH domain: Residues 366-466 / 変異: S373G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PARC, H7AP1, KIAA0708 / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8IWT3

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1313D HN(CA)CB
1413D CBCA(CO)NH
1513D Cc(CO)NH-TOCSY
1613D 1H-15N NOESY
1713D 1H-13C NOESY
1813D (H)CCH-TOCSY
1913D HNCO
11013D HBHA(CO)NH
1111Hc(CO)NH-TOCSY

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試料調製

詳細内容: 25 mM TRIS, 250 mM sodium chloride, 90 % H2O, 0.5 mM PMSF, 1 mM Benzamidine, 10 % D2O, 55 mM H2O, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Solution-ID
25 mMTRIS1
250 mMsodium chloride1
90 %H2O1
0.5 mMPMSF2
1 mMBenzamidine2
10 %D2O2
55 mMH2O2
試料状態イオン強度: 0.25 / pH: 7.4 / 圧: ambient / 温度: 298.15 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE8001
Bruker AvanceBrukerAVANCE6002
Varian INOVAVarianINOVA5003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Sparky3.11Goddardデータ解析
CNS1.1Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
NMRPipe2.3Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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