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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2jsg | |||||||||||||||||||||||
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タイトル | NMR solution structure of the anticodon of E.coli TRNA-VAL3 with 1 modification (M6A37) | |||||||||||||||||||||||
要素 | 5'-R(*キーワード | RNA (リボ核酸) / E.coli (大腸菌) / Valine (バリン) / TRNA (転移RNA) / ANTICODON STEM LOOP / TRNA DOMAIN (転移RNA) / RNA HAIRPIN / N6-methyladenosine / M6A | 機能・相同性 | リボ核酸 / RNA (> 10) | 機能・相同性情報 手法 | 溶液NMR / torsion angle dynamics | Model type details | minimized average | データ登録者 | Vendeix, F.A.P. / Dziergowska, A. / Gustilo, E.M. / Graham, W.D. / Sproat, B. / Malkiewicz, A. / Agris, P.F. | 引用 | ジャーナル: To be Published | タイトル: Wobble-Position Modifications Pre-structure tRNA's Anticodon for Ribosome-Mediated Codon Binding 著者: Vendeix, F.A.P. / Dziergowska, A. / Gustilo, E.M. / Graham, W.D. / Sproat, B. / Malkiewicz, A. / Agris, P.F. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2jsg.cif.gz | 122.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2jsg.ent.gz | 100.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2jsg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/js/2jsg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/js/2jsg | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 5416.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 |
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試料 |
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試料状態 |
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-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1 / 詳細: anneal.inp protocol in CNS | ||||||||||||||||||||||||||||
NMR constraints | NOE constraints total: 601 / Hydrogen bond constraints total count: 28 | ||||||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: minimized average structure | ||||||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 80 / 登録したコンフォーマーの数: 11 / Maximum lower distance constraint violation: 0.1 Å / Maximum torsion angle constraint violation: 5 ° / Maximum upper distance constraint violation: 0.5 Å |