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万見
- PDB-2jnq: Solution Structure of a KlbA Intein Precursor from Methanococcus ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jnq
タイトルSolution Structure of a KlbA Intein Precursor from Methanococcus jannaschii
要素Hypothetical protein MJ0781仮説
キーワードUNKNOWN FUNCTION / protein (タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


intein-mediated protein splicing / ATP binding / 生体膜
類似検索 - 分子機能
Endonuclease - Pi-scei; Chain A, domain 1 / Hedgehog/Intein (Hint) domain / Type II/IV secretion system protein / Type II/IV secretion system protein / Intein splicing domain / Intein C-terminal splicing region / Intein C-terminal splicing motif profile. / Hint domain C-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain C-terminal region / Intein N-terminal splicing region ...Endonuclease - Pi-scei; Chain A, domain 1 / Hedgehog/Intein (Hint) domain / Type II/IV secretion system protein / Type II/IV secretion system protein / Intein splicing domain / Intein C-terminal splicing region / Intein C-terminal splicing motif profile. / Hint domain C-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain C-terminal region / Intein N-terminal splicing region / Intein N-terminal splicing motif profile. / Hint domain N-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain N-terminal region / Hint domain superfamily / Beta Complex / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein MJ0781
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
Model detailsConformer closest to mean coordinates of ensemble.
データ登録者Johnson, M.A. / Southworth, M.W. / Herrmann, T. / Brace, L. / Perler, F.B. / Wuthrich, K.A.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2007
タイトル: NMR structure of a KlbA intein precursor from Methanococcus jannaschii
著者: Johnson, M.A. / Southworth, M.W. / Herrmann, T. / Brace, L. / Perler, F.B. / Wuthrich, K.
履歴
登録2007年1月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_database_status
Item: _pdbx_database_status.deposit_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical protein MJ0781


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,4411
ポリマ－21,4411
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 100target function
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Hypothetical protein MJ0781 / 仮説


分子量: 21441.244 Da / 分子数: 1 / 断片: Mja klbA intein, residues 1-180 / 変異: N175A, C176S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
プラスミド: pMjaKlbA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q58191

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: Conformer closest to mean coordinates of ensemble. Ensemble has already been deposited (2JMZ).
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 1H-15N NOESY
1223D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
12 mM [U-98% 15N] KLBA intein precursor, 20 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 2 mM sodium azide, 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
22 mM [U-98% 13C, U-98% 15N] KLBA intein precursor, 20 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 2 mM sodium azide, 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
2 mMentity[U-98% 15N]1
20 mMsodium phosphate1
100 mMsodium chloride1
2 mMsodium azide1
2 mMentity[U-98% 13C; U-98% 15N]2
20 mMsodium phosphate2
100 mMsodium chloride2
2 mMsodium azide2
試料状態イオン強度: 0.12 / pH: 5.3 / 圧: ambient / 温度: 308 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
ATNOS/CANDID1.2Herrmann, Guntert and Wuthrich構造決定
CYANA1.0.3Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
OPAL1.2Luginbuhl, Guntert, Billeter and Wuthrich精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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