PDB-2jha: The structure of bluetongue virus VP4 reveals a multifunctional R...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2jha

タイトル

The structure of bluetongue virus VP4 reveals a multifunctional RNA- capping production-line

要素

VP4 CORE PROTEIN

キーワード

VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) /

GUANYLYLTRANSFERASE / VIRAL CAPPING ENZYME /

CORE PROTEIN (カプシド) /

VIRION PROTEIN (ウイルス) /

METHYLTRANSFERASE (メチルトランスフェラーゼ)

機能・相同性

機能・相同性情報

viral outer capsid
類似検索 - 分子機能

生物種

BLUETONGUE VIRUS 10 (ブルータング)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / その他 / 解像度: 3.4 Å

データ登録者

Sutton, G. / Grimes, J.M. / Stuart, D.I. / Roy, P.

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Bluetongue Virus Vp4 is an RNA-Capping Assembly Line.
著者: Sutton, G. / Grimes, J.M. / Stuart, D.I. / Roy, P.

履歴

登録	2007年2月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2007年4月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2015年9月23日	Group: Source and taxonomy
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2jha.cif.gz	138.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2jha.ent.gz	109.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2jha.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jh/2jha ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jh/2jha	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2jh8C 2jh9C 2jhcC 2jhpC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2jhc-d 2jhp-d 2jh8-d 4xx1-3 2jh9-d 5h5g-d 1pvw-d 5e2g-d 6t5h-d 4qlo-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (2) #130 - 2010年10月リボスイッチ (Riboswitches) 類似性 (1)

登録構造単位

A: VP4 CORE PROTEIN

ヘテロ分子

76.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	75.400, 75.400, 422.470
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

#1: タンパク質	VP4 CORE PROTEIN / BLUETONGUE VIRUS VP4 分子量: 75501.711 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) BLUETONGUE VIRUS 10 (ISOLATE USA) (ブルータング) 発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P07132
#2: 化合物	ChemComp-GP3 / DIGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Gp₃G 分子量: 788.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₇N₁₀O₁₈P₃
#3: 化合物	ChemComp-GUN / GUANINE / グアニン / グアニン分子量: 151.126 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₅N₅O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.89 %
結晶化	pH: 7.7 詳細: 100 MM IMIDAZOLE PH 8.0, 2%-8% PROPAN-2-OL, 0-250 MM NACL, 50 MM DTT

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.9537
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年10月2日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: SI / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.4→25 Å / Num. obs: 10116 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 1.4 / 冗長度: 8.6 % / R_merge(I) obs: 0.18 / Net I/σ(I): 13.7
反射シェル	解像度: 3.4→3.52 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.58 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 97.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法: その他 / 解像度: 3.4→25 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.908 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.839 / SU B: 107.712 / SU ML: 0.777 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.816 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.331	516	4.9 %	RANDOM
R_work	0.24	-	-	-
obs	0.245	10116	99.6 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 88.3 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.32 Å²	2.16 Å²	0 Å²
2-	-	4.32 Å²	0 Å²
3-	-	-	-6.48 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.4→25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5040	0	73	0	5113

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.022	5247
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.901	1.972	7105
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.959	5	609
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.889	22.451	257
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	23.897	15	912
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.942	15	53
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.143	0.2	750
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	3990
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.288	0.2	2841
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.331	0.2	3445
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.201	0.2	241
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.232	0.2	66
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.185	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.47	1.5	3140
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.814	2	4943
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.017	3	2469
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.665	4.5	2162
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 3.4→3.49 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.456	39
R_work	0.26	686

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	13.0538	-2.6875	-1.0007	6.686	-1.4354	8.9729	0.5504	0.3235	1.3559	1.2127	-0.5819	-1.1335	-1.1201	0.7982	0.0315	0.1144	-0.1114	-0.0117	-0.1237	0.1489	-0.0084	107.742	35.879	181.502
2	7.0482	1.4594	-2.2241	0.3022	-0.4605	0.7018	0.3865	-0.3369	0.0006	0.3209	-0.2234	-0.1603	-0.0349	-0.0991	-0.1631	-0.0095	0.0481	0.0371	-0.128	0.0372	-0.0142	80.166	28.487	185.598
3	11.5684	-3.714	-1.8962	8.5938	0.5188	12.9732	0.705	-0.5158	0.5542	1.2277	-0.2972	-0.6016	-2.397	0.5007	-0.4077	0.2336	-0.2125	0.0169	-0.0952	0.0158	-0.1152	65.771	35.611	203.13
4	5.3305	-0.0546	-1.1484	9.5247	-3.7172	7.1643	0.2194	-0.2112	-0.0918	1.3905	0.0692	0.5615	-0.2409	-0.1865	-0.2886	-0.2609	-0.2352	0.0315	-0.1748	-0.0394	-0.0871	58.56	23.105	202.789
5	10.2975	-3.1079	-4.9601	6.9989	3.1003	2.8133	1.065	-0.3339	-0.3673	0.1221	-0.7014	0.1058	0.7315	-0.2836	-0.3636	-0.2709	-0.1278	-0.004	0.0473	0.0384	-0.1059	80.007	18.474	175.458
6	4.6168	-0.6613	-0.303	3.7133	-0.0764	1.1736	0.5205	1.5389	0.8446	-0.4147	-0.2466	-0.1532	-0.5142	0.0125	-0.2739	-0.1253	0.1588	0.1905	0.2867	0.2974	-0.0667	93.762	30.821	163.642
7	12.6409	-1.0779	1.3928	4.2939	-5.3333	14.9054	0.9518	2.4853	-1.5265	-2.3562	-1.1253	0.5317	2.2074	-0.2283	0.1736	0.171	0.1519	0.0832	0.6204	-0.3034	0.2613	92.214	17.187	151.859

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 100
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	101 - 160
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	161 - 237
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	238 - 391
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	392 - 452
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	453 - 598
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	599 - 644

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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