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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2j8q | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human cleavage and polyadenylation specificity factor 5 (CPSF5) in complex with a sulphate ion. | ||||||
要素 | CLEAVAGE AND POLYADENYLATION SPECIFICITY FACTOR 5 | ||||||
キーワード | NUCLEAR PROTEIN / RNA-BINDING / MRNA PROCESSING (転写後修飾) / PHOSPHORYLATION (リン酸化) / 3'MRNA CLEAVAGE AND POLYADENYLATION FACTOR | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of pro-B cell differentiation / : / mRNA cleavage factor complex / Processing of Intronless Pre-mRNAs / positive regulation of stem cell differentiation / mRNA cleavage and polyadenylation specificity factor complex / mRNA alternative polyadenylation / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / paraspeckles / mRNA 3'-end processing ...positive regulation of pro-B cell differentiation / : / mRNA cleavage factor complex / Processing of Intronless Pre-mRNAs / positive regulation of stem cell differentiation / mRNA cleavage and polyadenylation specificity factor complex / mRNA alternative polyadenylation / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / paraspeckles / mRNA 3'-end processing / mRNA 3'-end processing / RNA Polymerase II Transcription Termination / protein heterotetramerization / post-transcriptional regulation of gene expression / : / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / centriolar satellite / protein tetramerization / 転写後修飾 / histone deacetylase binding / 細胞分化 / nuclear body / mRNA binding / 中心体 / chromatin binding / protein homodimerization activity / RNA binding / 核質 / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | HOMO SAPIENS (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Moche, M. / Stenmark, P. / Ogg, D. / Arrowsmith, C. / Berglund, H. / Busam, R. / Collins, R. / Edwards, A. / Ericsson, U.B. / Flodin, S. ...Moche, M. / Stenmark, P. / Ogg, D. / Arrowsmith, C. / Berglund, H. / Busam, R. / Collins, R. / Edwards, A. / Ericsson, U.B. / Flodin, S. / Flores, A. / Graslund, S. / Hammarstrom, M. / Hallberg, B.M. / Holmberg, S.L. / Hogbom, M. / Johansson, I. / Karlberg, T. / Kosinska, U. / Kotenyova, T. / Magnusdottir, A. / Nilsson, M.E. / Nilsson-Ehle, P. / Nyman, T. / Persson, C. / Sagemark, J. / Sundstrom, M. / Uppenberg, J. / Upsten, M. / Thorsell, A.G. / Van Den Berg, S. / Wallden, K. / Weigelt, J. / Welin, M. / Nordlund, P. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proteins / 年: 2008 タイトル: The Crystal Structure of Human Cleavage and Polyadenylation Specific Factor-5 Reveals a Dimeric Nudix Protein with a Conserved Catalytic Site. 著者: Tresaugues, L. / Stenmark, P. / Schuler, H. / Flodin, S. / Welin, M. / Nyman, T. / Hammarstrom, M. / Moche, M. / Graslund, S. / Nordlund, P. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2j8q.cif.gz | 95.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2j8q.ent.gz | 73.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2j8q.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j8/2j8q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j8/2j8q | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.9945, 0.02949, -0.1006), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26420.318 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 24-227 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PNIC28-BSA4 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O43809 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | THE CONSTRUCT HAS AN N-TERMINAL HIS TAG | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.48 % |
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結晶化 | 詳細: 17%(W/V)PEG3350, 0.2M AMSO4, 0.1M BIS TRIS PH 5.2.MIX 1:1UL DROPS OF 9MG/ML PROTEIN WITH WELL SOLUTION IN RT THEN MOVE TO CR. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年4月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.934 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→25 Å / Num. obs: 24012 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 13.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.5 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.32 / Mean I/σ(I) obs: 3.94 / % possible all: 98.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2CL3 解像度: 2.3→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.897 / SU B: 15.452 / SU ML: 0.193 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.312 / ESU R Free: 0.244 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 35 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→25 Å
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拘束条件 |
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