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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2j6h | |||||||||
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タイトル | E. coli glucosamine-6-P synthase in complex with glucose-6P and 5-oxo- L-norleucine | |||||||||
要素 | GLUCOSAMINE-FRUCTOSE-6-PHOSPHATE AMINOTRANSFERASE | |||||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / AMMONIA CHANNELING | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 glutamine-fructose-6-phosphate transaminase (isomerizing) / glutamine-fructose-6-phosphate transaminase (isomerizing) activity / UDP-N-acetylglucosamine metabolic process / UDP-N-acetylglucosamine biosynthetic process / carbohydrate derivative binding / fructose 6-phosphate metabolic process / protein N-linked glycosylation / glutamine metabolic process / carbohydrate metabolic process / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ESCHERICHIA COLI (大腸菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å | |||||||||
データ登録者 | Mouilleron, S. / Golinelli-Pimpaneau, B. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006 タイトル: Glutamine Binding Opens the Ammonia Channel and Activates Glucosamine-6-Phosphate Synthase. 著者: Mouilleron, S. / Badet-Denisot, M.A. / Golinelli-Pimpaneau, B. #1: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2007 タイトル: Domain Motions of Glucosamine-6P Synthase: Comparison of the Anisotropic Displacements in the Crystals and the Catalytic Hinge-Bending Rotation. 著者: Mouilleron, S. / Golinelli-Pimpaneau, B. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2j6h.cif.gz | 245.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2j6h.ent.gz | 197.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2j6h.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j6/2j6h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j6/2j6h | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.4338, -0.3288, 0.8389), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 66846.016 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / プラスミド: PMA1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): HB101 参照: UniProt: P17169, glutamine-fructose-6-phosphate transaminase (isomerizing) #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 0.53 % |
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結晶化 | pH: 7.2 詳細: 12% PEG 8000, 0.1 M KCL, 5% GLYCEROL, 10 MM FRUCTOSE-6-PHOSPHATE., pH 7.20 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2004年3月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.933 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.35→30 Å / Num. obs: 57253 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(I): 2.09 / 冗長度: 3.11 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 9.55 |
反射 シェル | 解像度: 2.35→2.39 Å / 冗長度: 2.09 % / Rmerge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 2.09 / % possible all: 83 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRIES 1GDO AND 1MOQ 解像度: 2.35→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 8.805 / SU ML: 0.197 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.361 / ESU R Free: 0.242 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THE FOLLOWING RESIDUES HAVE MISSING ATOMS HIS B 273 CG, ND1, CD2, CE1, NE2.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.93 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.35→15 Å
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拘束条件 |
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