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万見
- PDB-2j5a: Folding of S6 structures with divergent amino-acid composition: p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2j5a
タイトルFolding of S6 structures with divergent amino-acid composition: pathway flexibility within partly overlapping foldons
要素30S RIBOSOMAL PROTEIN S6
キーワードRNA-BINDING / AQUIFEX AEOLICUS / RIBOSOMAL PROTEIN / RIBONUCLEOPROTEIN (核タンパク質) / RIBOSOMAL PROTEIN S6 / RRNA-BINDING / PROTEIN FOLDING (フォールディング)
機能・相同性
機能・相同性情報


small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学)
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein S6/Translation elongation factor EF1B / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 superfamily / Translation elongation factor EF1B/ribosomal protein S6 / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
30S ribosomal protein S6
類似検索 - 構成要素
生物種AQUIFEX AEOLICUS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Hansson, S. / Olofsson, L. / Hedberg, L. / Oliveberg, M. / Logan, D.T.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Folding of S6 Structures with Divergent Amino Acid Composition: Pathway Flexibility within Partly Overlapping Foldons.
著者: Olofsson, M. / Hansson, S. / Hedberg, L. / Logan, D.T. / Oliveberg, M.
履歴
登録2006年9月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年10月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,4822
ポリマ－13,4591
非ポリマー231
水81145
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)75.570, 75.570, 55.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S6 / / RIBOSOMAL PROTEIN S6


分子量: 13459.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) AQUIFEX AEOLICUS (バクテリア) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O66474
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE RESIDUE AT POSITION 98 HAS BEEN MODELLED AS ILE ON THE BASIS OF FIT TO ELECTRON DENSITY. THIS ...THE RESIDUE AT POSITION 98 HAS BEEN MODELLED AS ILE ON THE BASIS OF FIT TO ELECTRON DENSITY. THIS HAS NOT BEEN CONFIRMED INDEPENDENTLY, E.G. BY SEQUENCING OF THE OVEREXPRESSION PLASMID. HOWEVER, THE FIT FOR PHE WAS POOR AND THE DENSITY HAS THE APPEARANCE OF ILE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.4 %
解説: BETA VERSION OF PHASER STRUCTURE SOLVED USING A PRELIMINARY 2.6A DATA SET
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: HANGING DROP 14% POLYETHYLENE GLYCOL 3350, 0.2M NA FORMATE, 4UL PROTEIN, 4UL RESERVOIR

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.934
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2004年3月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→28.2 Å / Num. obs: 8252 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 44.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 13.7
反射 シェル解像度: 2.3→2.4 Å / Rmerge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1G1X

1g1x


解像度: 2.3→25.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.899 / SU B: 6.568 / SU ML: 0.163 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.256 / ESU R Free: 0.225 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.274 381 4.68 %RANDOM
Rwork0.223 ---
obs0.225 8250 98.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.77 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.017 Å20.508 Å20 Å2
2--1.017 Å20 Å2
3----1.525 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→25.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数916 0 1 45 962
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.022937
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.271.9591258
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7535105
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg43.80125.38552
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.59115188
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.391154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2129
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021010
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2180.2176
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1830.2437
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2030.236
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1830.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1322004
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8121.5530
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.5342862
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.8183422
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0074.5396
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.268 26
Rwork0.248 571
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -0.862 Å / Origin y: 34.332 Å / Origin z: 16.232 Å
111213212223313233
T-0.073 Å20.0237 Å2-0.0139 Å2--0.0775 Å20.0094 Å2---0.0821 Å2
L4.1179 °20.0832 °20.7086 °2-0.6171 °2-0.0193 °2--2.1042 °2
S-0.1353 Å °-0.1863 Å °-0.0607 Å °-0.0751 Å °0.0784 Å °0.0639 Å °0.067 Å °0.0114 Å °0.057 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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