[English] 日本語
![](img/lk-miru.gif)
- PDB-2q82: Crystal structure of core protein P7 from Pseudomonas phage phi12... -
+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2q82 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of core protein P7 from Pseudomonas phage phi12. Northeast Structural Genomics Target OC1 | ||||||
![]() | Core protein P7 | ||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
Function / homology | Oxidized Rhodanese; domain 1 - #20 / Oxidized Rhodanese; domain 1 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Core protein P7![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Benach, J. / Eryilmaz, E. / Su, M. / Seetharaman, J. / Wei, H. / Gottlieb, P. / Hunt, J.F. / Ghose, R. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) | ||||||
![]() | ![]() Title: Structure and dynamics of the P7 protein from the bacteriophage phi 12. Authors: Eryilmaz, E. / Benach, J. / Su, M. / Seetharaman, J. / Dutta, K. / Wei, H. / Gottlieb, P. / Hunt, J.F. / Ghose, R. | ||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 37.3 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 26.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Similar structure data | |
---|---|
Other databases |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
Unit cell |
| ||||||||
Details | The putative biological unit is a dimer, created by -x, -x+y, -z+2/3 + (1 1 0) symmetry operation |
-
Components
#1: Protein | Mass: 14450.371 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: Residues 1-129 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Genus: Cystovirus ![]() ![]() ![]() ![]() |
---|---|
#2: Water | ChemComp-HOH / ![]() |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.65 Å3/Da / Density % sol: 53.56 % Description: THE STRUCTURE FACTOR FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS |
---|---|
Crystal grow![]() | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 23% PEG10000, 100mM Sodium acetate, 10% n-Hexyl-D-glucoside, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MAR CCD 165 mm / Detector: CCD / Date: May 8, 2007 / Details: mirrors | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: SI(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Redundancy: 10.5 % / Av σ(I) over netI: 12 / Number: 305699 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Χ2: 0.78 / D res high: 1.7 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 29155 / % possible obs: 89.4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.7→50 Å / Num. obs: 29155 / % possible obs: 89.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 10.5 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 12 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
|
-Phasing
Phasing![]() | Method: ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Phasing MAD | D res high: 1.88 Å / D res low: 5.83 Å / FOM : 0.295 / Reflection: 9638 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing MAD set | R kraut acentric: 0.037 / Highest resolution: 5.83 Å / Lowest resolution: 1.88 Å / FOM : 0.297 / Power: 0.71 kW | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing dm | FOM : 0.52 / FOM acentric: 0.52 / FOM centric: 0.5 / Reflection: 12613 / Reflection acentric: 11383 / Reflection centric: 1230 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing dm shell |
|
-
Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure![]() ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Bsol: 52.745 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 39.389 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.83→20 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
|