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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2j4o | ||||||
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タイトル | Structure of TAB1 | ||||||
要素 | MITOGEN-ACTIVATED PROTEIN KINASE KINASE KINASE 7-INTERACTING PROTEIN 1 | ||||||
キーワード | PROTEIN BINDING (タンパク質) / TGF-BETA (TGF-β) / PSEUDO-PHOSPHATASE / TAK1 BINDING PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cardiac septum development / coronary vasculature development / aorta development / protein serine/threonine phosphatase activity / mitogen-activated protein kinase p38 binding / non-canonical NF-kappaB signal transduction / enzyme activator activity / heart morphogenesis / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex / Alpha-protein kinase 1 signaling pathway ...cardiac septum development / coronary vasculature development / aorta development / protein serine/threonine phosphatase activity / mitogen-activated protein kinase p38 binding / non-canonical NF-kappaB signal transduction / enzyme activator activity / heart morphogenesis / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex / Alpha-protein kinase 1 signaling pathway / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / TICAM1,TRAF6-dependent induction of TAK1 complex / TRAF6-mediated induction of TAK1 complex within TLR4 complex / protein serine/threonine kinase activator activity / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / lung development / NOD1/2 Signaling Pathway / positive regulation of protein serine/threonine kinase activity / CLEC7A (Dectin-1) signaling / FCERI mediated NF-kB activation / Interleukin-1 signaling / in utero embryonic development / positive regulation of MAPK cascade / molecular adaptor activity / endosome membrane / Ub-specific processing proteases / nuclear speck / protein-containing complex binding / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / 小胞体 / protein-containing complex / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | HOMO SAPIENS (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.25 Å | ||||||
データ登録者 | van Aalten, D. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2006 タイトル: Tak1-Binding Protein 1 is a Pseudophosphatase. 著者: Conner, S.H. / Kular, G. / Peggie, M. / Shepherd, S. / Schuttelkopf, A.W. / Cohen, P. / Van Aalten, D.M.F. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2j4o.cif.gz | 81.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2j4o.ent.gz | 62.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2j4o.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j4/2j4o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j4/2j4o | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43733.023 Da / 分子数: 1 / 断片: N-TERMINAL PP2C-LIKE DOMAIN, RESIDUES 1-401 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15750 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 72 % |
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法 詳細: TAB1, WAS CONCENTRATED TO 14.1 MG/ML, AND CRYSTALLISED BY VAPOUR DIFFUSION. 1 MICROL OF PROTEIN WAS MIXED WITH 1 MICROL OF MOTHER LIQUOR (100 MM HEPES PH 7.5, 1.5 M LI2SO4) AND 0.25 MICROL ...詳細: TAB1, WAS CONCENTRATED TO 14.1 MG/ML, AND CRYSTALLISED BY VAPOUR DIFFUSION. 1 MICROL OF PROTEIN WAS MIXED WITH 1 MICROL OF MOTHER LIQUOR (100 MM HEPES PH 7.5, 1.5 M LI2SO4) AND 0.25 MICROL 100 MM BACL2. HEXAGONALLY-SHAPED CRYSTALS APPEARED WITHIN THREE DAYS. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 1.03962 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年9月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.03962 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.25→20 Å / Num. obs: 151048 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 13.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.25→2.33 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.47 / % possible all: 82.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.25→20 Å / Data cutoff high absF: 10000 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | Bsol: 43.8702 Å2 / ksol: 0.330532 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.25→20 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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