+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2j4a | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Human Thyroid hormone receptor beta ligand binding domain in complex with KB131084 | ||||||
要素 | THYROID HORMONE RECEPTOR BETA-1 | ||||||
キーワード | RECEPTOR (受容体) / NUCLEAR PROTEIN / DISEASE MUTATION / NUCLEAR RECEPTOR (核内受容体) / ZINC (亜鉛) / DEAFNESS (難聴) / ZINC-FINGER (ジンクフィンガー) / DNA-BINDING / TRANSCRIPTION REGULATION / TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / ALTERNATIVE SPLICING (選択的スプライシング) / LIGAND BINDING DOMAIN (リガンド) / POLYMORPHISM / METAL-BINDING | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 retinal cone cell apoptotic process / negative regulation of female receptivity / female courtship behavior / retinal cone cell development / thyroid hormone mediated signaling pathway / positive regulation of thyroid hormone mediated signaling pathway / cellular response to thyroid hormone stimulus / regulation of heart contraction / type I pneumocyte differentiation / thyroid hormone binding ...retinal cone cell apoptotic process / negative regulation of female receptivity / female courtship behavior / retinal cone cell development / thyroid hormone mediated signaling pathway / positive regulation of thyroid hormone mediated signaling pathway / cellular response to thyroid hormone stimulus / regulation of heart contraction / type I pneumocyte differentiation / thyroid hormone binding / retinoic acid receptor signaling pathway / sensory perception of sound / SUMOylation of intracellular receptors / mRNA transcription by RNA polymerase II / chromatin DNA binding / transcription coactivator binding / Nuclear Receptor transcription pathway / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / 細胞分化 / nuclear body / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / DNA-templated transcription / クロマチン / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / 核質 / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | HOMO SAPIENS (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / その他 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Farnegardh, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2006 タイトル: Thyroid Receptor Ligands. 6. A High Affinity "Direct Antagonist" Selective for the Thyroid Hormone Receptor. 著者: Koehler, K. / Gordon, S. / Brandt, P. / Carlsson, B. / Backsbro-Saedi, A. / Apelqvist, T. / Agback, P. / Grover, G.J. / Nelson, W. / Grynfarb, M. / Farnegardh, M. / Rehnmark, S. / Malm, J. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2j4a.cif.gz | 64.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb2j4a.ent.gz | 47 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2j4a.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j4/2j4a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j4/2j4a | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28555.057 Da / 分子数: 1 / 断片: LIGAND BINDING DOMAIN, RESIDUES 209-461 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P10828 |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-OEF / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
構成要素の詳細 | ENGINEERED |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.8 % / 解説: NONE |
---|---|
結晶化 | 詳細: 0.45 M AMMONIUMSULFATE, 100 MMTRIS PH8.0, 100MM NDSB |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7A / 波長: 0.933 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.933 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→20 Å / Num. obs: 14513 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 20.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 7.7 |
-解析
ソフトウェア | 名称: CNS / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: その他 / 解像度: 2.2→40 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Data cutoff high absF: 10000 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 35.8737 Å2 / ksol: 0.343697 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 31.9 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→40 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.032 / Total num. of bins used: 6
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
|