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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2iru
タイトルCrystal Structure of the Polymerase Domain from Mycobacterium tuberculosis Ligase D
要素Putative DNA ligase-like protein Rv0938/MT0965
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / POLYMERASE (ポリメラーゼ) / PRIMASE (DNAプライマーゼ) / LIGASE (リガーゼ) / NHEJ (非相同末端結合)
機能・相同性
機能・相同性情報


: / ribonucleotide binding / DNA ligase activity / DNAリガーゼ / DNA ligase (ATP) activity / DNA ligation / single-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / DNA primase activity / DNA replication, synthesis of primer / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity ...: / ribonucleotide binding / DNA ligase activity / DNAリガーゼ / DNA ligase (ATP) activity / DNA ligation / single-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / DNA primase activity / DNA replication, synthesis of primer / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / double-strand break repair via nonhomologous end joining / double-strand break repair / manganese ion binding / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase activity / nucleotide binding / magnesium ion binding / DNA binding / ATP binding / metal ion binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Alpha-Beta Plaits - #3300 / LigD polymerase domain, MtLigD-type / DNA ligase D, ligase domain / LigD, primase-polymerase domain / DNA ligase D, polymerase domain / DNA ligase D, 3'-phosphoesterase domain / DNA polymerase Ligase (LigD) / DNA ligase, ATP-dependent, C-terminal / ATP dependent DNA ligase C terminal region / ATP-dependent DNA ligase family profile. ...Alpha-Beta Plaits - #3300 / LigD polymerase domain, MtLigD-type / DNA ligase D, ligase domain / LigD, primase-polymerase domain / DNA ligase D, polymerase domain / DNA ligase D, 3'-phosphoesterase domain / DNA polymerase Ligase (LigD) / DNA ligase, ATP-dependent, C-terminal / ATP dependent DNA ligase C terminal region / ATP-dependent DNA ligase family profile. / DNA ligase, ATP-dependent, central / ATP dependent DNA ligase domain / Alpha-Beta Plaits / Nucleic acid-binding, OB-fold / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Multifunctional non-homologous end joining DNA repair protein LigD / Multifunctional non-homologous end joining DNA repair protein LigD
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Brissett, N.C. / Pitcher, R.S. / Doherty, A.J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Structure and function of a mycobacterial NHEJ DNA repair polymerase.
著者: Pitcher, R.S. / Brissett, N.C. / Picher, A.J. / Andrade, P. / Juarez, R. / Thompson, D. / Fox, G.C. / Blanco, L. / Doherty, A.J.
履歴
登録2006年10月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年1月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative DNA ligase-like protein Rv0938/MT0965
B: Putative DNA ligase-like protein Rv0938/MT0965


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,6502
ポリマ－65,6502
非ポリマー00
水11,944663
1
A: Putative DNA ligase-like protein Rv0938/MT0965


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,8251
ポリマ－32,8251
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Putative DNA ligase-like protein Rv0938/MT0965


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,8251
ポリマ－32,8251
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)41.053, 75.796, 96.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.68, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Putative DNA ligase-like protein Rv0938/MT0965


分子量: 32825.148 Da / 分子数: 2 / 断片: LigD Polymerase Domain (residues 1-300) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: Rv098 / プラスミド: pET28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P71571, UniProt: P9WNV3*PLUS, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 663 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.9 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.7
詳細: 20% PEG 3350, 0.2 M Mg acetate, pH 7.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年8月4日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→20.37 Å / Num. obs: 63571 / % possible obs: 90.1 % / Observed criterion σ(I): -3.7 / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 20.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rsym value: 0.029 / Net I/σ(I): 23.7
反射 シェル解像度: 1.65→1.74 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.235 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 7663 / Rsym value: 0.129 / % possible all: 74.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
CrystalClear(MSC/RIGAKU)データ収集
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.65→20.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 3.54 / SU ML: 0.066 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.117 / ESU R Free: 0.12 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23896 3237 5.1 %RANDOM
Rwork0.1902 ---
obs0.19273 60313 89.86 %-
all-63550 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.758 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.65 Å20 Å2-0.12 Å2
2---0.21 Å20 Å2
3----0.45 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→20.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4344 0 0 663 5007
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0224444
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4781.9666069
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0975566
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.81422.597181
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.58915698
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.881542
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.10.2700
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023380
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2150.22267
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3020.23055
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.260.2479
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1980.246
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2470.223
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9241.52907
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.4324579
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.26931754
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3824.51490
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.693 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.467 192 -
Rwork0.333 3268 -
obs-3268 66.96 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.77230.09150.16830.99540.25521.3342-0.01190.0165-0.0467-0.1016-0.01070.01770.022-0.08590.02250.0263-0.0048-0.00220.02670.00320.0359-1.95643.61621.859
21.38090.34040.07221.439-1.43532.36920.0451-0.0488-0.1058-0.133-0.0107-0.0710.4484-0.0866-0.03440.1261-0.0205-0.023-0.01890.01110.0374-2.96722.06532.913
30.1869-0.045-0.0831.3638-1.12161.00020.0218-0.1082-0.00980.13960.08690.09040.1171-0.2243-0.10870.0783-0.0425-0.02330.03870.0130.0059-5.31829.66939.437
43.23551.09680.65392.9856-0.20561.26360.1135-0.351-0.20240.2722-0.0844-0.38480.1560.1365-0.02910.01050.0145-0.05320.00150.0430.010810.80334.24737.114
50.6343-0.0205-0.0431.10620.2141.36740.0231-0.06830.02810.1008-0.0560.0815-0.044-0.03070.03280.0156-0.0231-0.00740.03140.00070.0311-22.3659.625.105
61.5307-0.1315-0.17482.1878-1.81994.37590.07090.0450.03780.1115-0.06250.0138-0.24750.1492-0.00840.1291-0.0359-0.01040.0243-0.00830.07-21.1978.91117.613
71.5418-1.1504-0.25528.12371.2261.69530.0311-0.05740.12980.1693-0.0798-0.0695-0.370.09290.04870.1237-0.0957-0.00320.00880.02250.0102-16.22981.13915.428
80.9026-0.2002-0.00571.7663-2.803514.68930.0310.11910.07430.18110.18540.19680.0138-0.6701-0.21640.07040.01660.0180.00020.03370.0159-28.00985.4818.068
90.8095-0.63660.13361.4151-0.33221.4580.04810.12320.0829-0.1138-0.0853-0.1147-0.17790.17240.03720.0222-0.04250.00290.02960.01360.004-14.71870.34312.132
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA6 - 1146 - 114
2X-RAY DIFFRACTION2AA115 - 208115 - 208
3X-RAY DIFFRACTION3AA209 - 261209 - 261
4X-RAY DIFFRACTION4AA262 - 291262 - 291
5X-RAY DIFFRACTION5BB10 - 11510 - 115
6X-RAY DIFFRACTION6BB116 - 162116 - 162
7X-RAY DIFFRACTION7BB163 - 190163 - 190
8X-RAY DIFFRACTION8BB191 - 223191 - 223
9X-RAY DIFFRACTION9BB224 - 291224 - 291

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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