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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2ia4 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Novel amino acid binding protein from Shigella flexneri | ||||||
要素 | Putative periplasmic binding transport protein | ||||||
キーワード | PROTEIN TRANSPORT / beta-alpha mixture | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Shigella flexneri 2a str. 301 (フレクスナー赤痢菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å | ||||||
データ登録者 | Fan, C.P. / Wang, D.C. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Structural and functional study of novel amino acid binding protein from Shigella flexneri 著者: Fan, C.P. / Wang, D.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2ia4.cif.gz | 130.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2ia4.ent.gz | 107.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2ia4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ia/2ia4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ia/2ia4 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32531.609 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 1-279 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Shigella flexneri 2a str. 301 (フレクスナー赤痢菌) 生物種: Shigella flexneri / 株: 2a 301 / プラスミド: pET22b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: Q83S74, UniProt: A0A0H2UXX1*PLUS #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.1 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: trimethylamine N-oxide dihydrate, Polyethylene Glycol, Monomethyl ether 2000, pH 8.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 95 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BSRF / ビームライン: 3W1A / 波長: 0.9500, 0.9794, 0.9799 | ||||||||||||
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月19日 | ||||||||||||
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.5→50 Å / Num. all: 160587 / Num. obs: 154166 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 11.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 28.7 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.286 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique all: 8038 / Rsym value: 0.286 / % possible all: 99.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.5→33.36 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Data cutoff high absF: 261723.36 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 44.9813 Å2 / ksol: 0.338119 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 15.5 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→33.36 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.5→1.59 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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