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万見
- PDB-2i9k: Engineered Extrahelical Base Destabilization Enhances Sequence Di... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2i9k
タイトルEngineered Extrahelical Base Destabilization Enhances Sequence Discrimination of DNA Methyltransferase M.HhaI
要素
  • 5'-D(*T*GP*AP*TP*AP*GP*CP*GP*CP*TP*AP*TP*C)-3'
  • Modification methylase HhaI
キーワードTRANSFERASE/DNA / Phe124Ala mutation in M.HhaI / TRANSFERASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


DNAメチルトランスフェラーゼ / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity / DNA restriction-modification system / DNA binding
類似検索 - 分子機能
DNA Methylase, subunit A, domain 2 / DNA Methylase; Chain A, domain 2 / DNA methylase, C-5 cytosine-specific, conserved site / C-5 cytosine-specific DNA methylases C-terminal signature. / DNA methylase, C-5 cytosine-specific, active site / C-5 cytosine-specific DNA methylases active site. / C-5 cytosine-specific DNA methylase (Dnmt) domain profile. / C-5 cytosine methyltransferase / C-5 cytosine-specific DNA methylase / Vaccinia Virus protein VP39 ...DNA Methylase, subunit A, domain 2 / DNA Methylase; Chain A, domain 2 / DNA methylase, C-5 cytosine-specific, conserved site / C-5 cytosine-specific DNA methylases C-terminal signature. / DNA methylase, C-5 cytosine-specific, active site / C-5 cytosine-specific DNA methylases active site. / C-5 cytosine-specific DNA methylase (Dnmt) domain profile. / C-5 cytosine methyltransferase / C-5 cytosine-specific DNA methylase / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Alpha-Beta Complex / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-アデノシル-L-ホモシステイン / デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / Type II methyltransferase M.HhaI
類似検索 - 構成要素
生物種Haemophilus haemolyticus (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Youngblood, B. / Shieh, F.K. / De Los Rios, S. / Perona, J.J. / Reich, N.O.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Engineered Extrahelical Base Destabilization Enhances Sequence Discrimination of DNA Methyltransferase M.HhaI
著者: Youngblood, B. / Shieh, F.K. / De Los Rios, S. / Perona, J.J. / Reich, N.O.
履歴
登録2006年9月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年10月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: 5'-D(*T*GP*AP*TP*AP*GP*CP*GP*CP*TP*AP*TP*C)-3'
D: 5'-D(*T*GP*AP*TP*AP*GP*CP*GP*CP*TP*AP*TP*C)-3'
A: Modification methylase HhaI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,2844
ポリマ－44,8993
非ポリマー3841
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4320 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area15890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.510, 97.510, 319.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*T*GP*AP*TP*AP*GP*CP*GP*CP*TP*AP*TP*C)-3'


分子量: 3966.597 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質 Modification methylase HhaI / Cytosine-specific methyltransferase HhaI / M.HhaI


分子量: 36966.109 Da / 分子数: 1 / Mutation: F124A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haemophilus haemolyticus (バクテリア)
遺伝子: hhaIM / プラスミド: pHSHW-5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER1727 / 参照: UniProt: P05102, EC: 2.1.1.73
#3: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン / S-アデノシル-L-ホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.15 %
結晶化温度: 290 K / pH: 6
詳細: 20% Ammonium Sulfate, 100mM Sodium Citrate buffer, pH 6.0, hanging drop, temperature 290K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1Ammonium Sulfate11
2Sodium Citrate buffer11
3HOH11
4Ammonium Sulfate12
5Sodium Citrate buffer12
6HOH12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.541 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年7月15日
放射モノクロメーター: Ni MIRROR + Ni FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.541 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→8.38 Å / Num. obs: 17397 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 1.9 / Observed criterion σ(I): 1.9 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rsym value: 0.061 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル解像度: 2.65→2.79 Å / Rmerge(I) obs: 0.39 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 2096 / Rsym value: 0.287 / % possible all: 97.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
CNS精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
CNS位相決定
精密化解像度: 2.65→2.79 Å / σ(F): 1.9 / σ(I): 1.9
Rfactor反射数%反射
Rfree0.262 2096 -
Rwork0.238 --
all0.39 --
obs0.287 17397 99.6 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→2.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2587 506 26 0 3119
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0075

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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