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- PDB-2i6v: PDZ domain of EpsC from Vibrio cholerae, residues 219-305 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2i6v
タイトルPDZ domain of EpsC from Vibrio cholerae, residues 219-305
要素General secretion pathway protein C
キーワードPROTEIN TRANSPORT / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / EpsC / GspC / PDZ domain (PDZドメイン) / Type 2 Secretion System / General Secretion Pathway
機能・相同性
機能・相同性情報


protein secretion by the type II secretion system / type II protein secretion system complex / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Type II secretion system protein GspC / Bacterial type II secretion system protein C signature. / Type II secretion system protein GspC, N-terminal / Type II secretion system protein C / PDZドメイン / Pdz3 Domain / PDZ superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Type II secretion system protein C
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法X線回折 / 単波長異常分散 / 解像度: 1.63 Å
データ登録者Korotkov, K.V. / Krumm, B. / Bagdasarian, M. / Hol, W.G.J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Structural and Functional Studies of EpsC, a Crucial Component of the Type 2 Secretion System from Vibrio cholerae.
著者: Korotkov, K.V. / Krumm, B. / Bagdasarian, M. / Hol, W.G.
履歴
登録2006年8月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年10月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: General secretion pathway protein C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,9351
ポリマ－9,9351
非ポリマー00
水2,108117
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)35.182, 44.884, 51.155
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 General secretion pathway protein C / Cholera toxin secretion protein epsC


分子量: 9935.156 Da / 分子数: 1 / 断片: PDZ domain, residues 219-305 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 遺伝子: epsC / プラスミド: AVA0421 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P45777
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 117 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.47 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.8
詳細: 1.9M ammonium sulfate, 0.2M Li sulfate, 0.1M Tris pH 7.8, vapor diffusion, temperature 294K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: その他 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAC Science DIP-2030B / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年5月3日 / 詳細: Osmic optics
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 6.8 % / Av σ(I) over netI: 7.1 / 数: 74457 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rsym value: 0.07 / Χ2: 2.61 / D res high: 1.45 Å / D res low: 33.911 Å / Num. obs: 10912 / % possible obs: 72.8
Diffraction reflection shell

ID: 1

最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)Rmerge(I) obsRsym valueChi squaredRedundancy
4.5920.73950.0520.0522.676
3.244.5998.90.0460.0462.5226.6
2.653.2497.90.0490.0492.57
2.292.6597.70.0660.0662.4147.1
2.052.2997.70.0840.0842.4257.1
1.872.0596.60.1140.1142.3777.2
1.731.8791.80.1630.1632.4957.1
1.621.7359.60.2620.2622.6046.6
1.531.62370.3490.3492.7876.3
1.451.5324.10.5260.5263.4845
反射解像度: 1.63→50 Å / Num. obs: 10558 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 17.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Χ2: 2.614 / Net I/σ(I): 57.6
反射 シェル解像度: 1.63→1.69 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.187 / Mean I/σ(I) obs: 16.7 / Num. unique all: 1004 / Χ2: 3.484 / % possible all: 97.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
DIPV. 2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.63→28.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 1.732 / SU ML: 0.062 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.099 / ESU R Free: 0.097 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.203 506 4.8 %RANDOM
Rwork0.17 ---
all0.171 ---
obs-10520 99.46 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.292 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.17 Å20 Å20 Å2
2--0.11 Å20 Å2
3---0.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.63→28.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数707 0 0 117 824
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.022719
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1081.97973
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.63588
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.70825.64139
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.3815129
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.396154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2107
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.02558
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2220.3267
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3210.5496
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1730.5149
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1230.353
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1810.531
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8094450
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.6016711
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.7816297
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.3028262
LS精密化 シェル解像度: 1.63→1.672 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.345 52 -
Rwork0.234 693 -
obs-745 97.51 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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