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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2i30 | ||||||
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タイトル | Human serum albumin complexed with myristate and salicylic acid | ||||||
要素 | Serum albumin | ||||||
キーワード | LIPID BINDING PROTEIN / PLASMA PROTEIN / METAL-BINDING / LIPID-BINDING | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cellular response to calcium ion starvation / exogenous protein binding / Ciprofloxacin ADME / enterobactin binding / ヘム / HDL remodeling / negative regulation of mitochondrial depolarization / Prednisone ADME / Heme degradation / Aspirin ADME ...cellular response to calcium ion starvation / exogenous protein binding / Ciprofloxacin ADME / enterobactin binding / ヘム / HDL remodeling / negative regulation of mitochondrial depolarization / Prednisone ADME / Heme degradation / Aspirin ADME / antioxidant activity / toxic substance binding / small molecule binding / Scavenging of heme from plasma / Recycling of bile acids and salts / cellular response to starvation / platelet alpha granule lumen / fatty acid binding / Post-translational protein phosphorylation / Cytoprotection by HMOX1 / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / pyridoxal phosphate binding / Platelet degranulation / protein-folding chaperone binding / blood microparticle / copper ion binding / 小胞体 / ゴルジ体 / 小胞体 / protein-containing complex / DNA binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å | ||||||
データ登録者 | Yang, F. / Bian, C. / Zhu, L. / Zhao, G. / Huang, Z. / Huang, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2007 タイトル: Effect of human serum albumin on drug metabolism: Structural evidence of esterase activity of human serum albumin 著者: Yang, F. / Bian, C. / Zhu, L. / Zhao, G. / Huang, Z. / Huang, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2i30.cif.gz | 130.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2i30.ent.gz | 100.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2i30.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i3/2i30 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i3/2i30 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 66571.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P02768 | ||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-MYR / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.24 % |
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結晶化 | 温度: 293 K 手法: 蒸発脱水法, 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 pH: 7.5 詳細: 31% PEG 3350, 0.05M potassium phosphate, pH 7.5, EVAPORATION, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR591 / 波長: 1.5418 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: BRUKER SMART 2000 / 検出器: CCD / 日付: 2004年8月20日 |
放射 | モノクロメーター: MIRROR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.9→45.7 Å / Num. all: 15230 / Num. obs: 13859 / % possible obs: 91 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 6.38 |
反射 シェル | 解像度: 2.9→3.08 Å / % possible all: 88.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1BJ5 解像度: 2.9→45.7 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | Bsol: 62.534 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 60.788 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.9→45.7 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.9→3.08 Å / Rfactor Rfree error: 0.011
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Xplor file |
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