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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2i2q | ||||||
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タイトル | Fission Yeast cofilin | ||||||
要素 | Cofilinコフィリン | ||||||
キーワード | actin-binding protein (アクチン結合タンパク質) / N-terminal Serine | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of actin filament binding / actin filament debranching / medial cortex / mitotic actomyosin contractile ring / mitotic actomyosin contractile ring assembly / actin nucleation / actin cortical patch / cell tip / actin filament severing / actin filament depolymerization ...negative regulation of actin filament binding / actin filament debranching / medial cortex / mitotic actomyosin contractile ring / mitotic actomyosin contractile ring assembly / actin nucleation / actin cortical patch / cell tip / actin filament severing / actin filament depolymerization / cell division site / actin monomer binding / nuclear matrix / actin filament binding / マイクロフィラメント / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.72 Å | ||||||
データ登録者 | Andrianantoandro, E. / Pollard, T.D. | ||||||
引用 | ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2006 タイトル: Mechanism of Actin Filament Turnover by Severing and Nucleation at Different Concentrations of ADF/Cofilin. 著者: Andrianantoandro, E. / Pollard, T.D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2i2q.cif.gz | 41.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2i2q.ent.gz | 27.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2i2q.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i2/2i2q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i2/2i2q | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1cofS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15640.864 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) 遺伝子: cof1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P78929 | ||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-LDA / | #4: 化合物 | ChemComp-EDO / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 64 % |
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結晶化 | 温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 2.1 M Ammonium Sulfate, 100 mM imidazole pH 7.0, 1 mM NiSO4, 2.5% PEG 400, 1 mM LDAO, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2003年5月26日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 25210 / % possible obs: 88.8 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Χ2: 5.212 / Net I/σ(I): 18.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.66 Å / Num. unique all: 981 / Χ2: 7.956 / % possible all: 35.4 |
-位相決定
Phasing MR | Cor.coef. Fo:Fc: 0.499 / Packing: 0.381
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1COF 解像度: 1.72→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | Bsol: 52.597 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 30.406 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.72→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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Xplor file |
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