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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2ho5 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Oxidoreductase, Gfo/Idh/MocA family from Streptococcus pneumoniae | ||||||
要素 | Oxidoreductase, Gfo/Idh/MocA family酸化還元酵素 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Gfo/Idh/MocA family / Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.56 Å | ||||||
データ登録者 | Chang, C. / Hatzos, C. / Abdullah, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of Oxidoreductase, Gfo/Idh/MocA family from Streptococcus pneumoniae 著者: Chang, C. / Hatzos, C. / Abdullah, J. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2ho5.cif.gz | 125.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2ho5.ent.gz | 105.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2ho5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ho/2ho5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ho/2ho5 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36692.371 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌) プラスミド: pMCSG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) derivative / 参照: UniProt: Q97PV8, UniProt: A0A0H2UR04*PLUS #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.83 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M Tris, 25% PEG3350, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年4月12日 |
放射 | モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97918 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.55→50 Å / Num. all: 23819 / Num. obs: 23462 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 31.4 % / Rmerge(I) obs: 0.153 / Net I/σ(I): 67.67 |
反射 シェル | 解像度: 2.55→2.64 Å / 冗長度: 13.8 % / Rmerge(I) obs: 0.538 / Mean I/σ(I) obs: 3.07 / % possible all: 86.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.56→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 25.929 / SU ML: 0.257 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.734 / ESU R Free: 0.326 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 76.237 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.56→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.56→2.621 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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