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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2hal | ||||||
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タイトル | An episulfide cation (thiiranium ring) trapped in the active site of HAV 3C proteinase inactivated by peptide-based ketone inhibitors | ||||||
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![]() | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / ![]() ![]() ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() host cell mitochondrial outer membrane / RNA-protein covalent cross-linking / : / : / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Yin, J. / Cherney, M.M. / Bergmann, E.M. / James, M.N. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: An Episulfide Cation (Thiiranium Ring) Trapped in the Active Site of HAV 3C Proteinase Inactivated by Peptide-based Ketone Inhibitors. 著者: Yin, J. / Cherney, M.M. / Bergmann, E.M. / Zhang, J. / Huitema, C. / Pettersson, H. / Eltis, L.D. / Vederas, J.C. / James, M.N. #1: ![]() タイトル: Dual Modes of Modification of Hepatitis A Virus 3C Protease by a Serine-Derived beta-lactone: Selective Crystallization and formation of a functional catalytic triad in the active site 著者: Yin, J. / Cherney, M.M. / Bergmann, E.M. / Lall, M.S. / Jain, R.P. / Vederas, J.C. / James, M.N.G. #2: ![]() タイトル: Crystal Structure of an Inhibitor Complex of the 3C Proteinase from Hepatitis A Virus (HAV) and Implications for the Polyprotein Processing in HAV 著者: Bergmann, E.M. / Cherney, M.M. / Mckendrick, J. / Frormann, S. / Luo, C. / Malcolm, B.A. / Vederas, J.C. / James, M.N. #3: ![]() タイトル: The Refined Crystal Structure of the 3C Gene Product from Hepatitis A Virus: Specific Proteinase Activity and RNA Recognition 著者: Bergmann, E.M. / Mosimann, S.C. / Chernaia, M.M. / Malcolm, B.A. / James, M.N. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 69.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 49.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23288.844 Da / 分子数: 1 / 断片: 3C proteinase, residues 1520-1731 / 変異: C24S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 属: Hepatovirus / 遺伝子: 3C / プラスミド: pHAV-3CEX / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: タンパク質・ペプチド | |
#3: 化合物 | ChemComp-BBL / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / ![]() |
構成要素の詳細 | THE COORDINATES OF METHYLKETONE GLUTAMATE AND EPISULFIDE METHYLGLUTAMATE ARE ALTERNATE ...THE COORDINATE |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.51 % |
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結晶化![]() | 温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 2.5% PEG 8000, 1.5% Glycerol, 10mM Tris-HCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年7月29日 |
放射 | モノクロメーター: crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 1.35→40 Å / Num. all: 39555 / Num. obs: 38893 / % possible obs: 85.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 13 |
反射 シェル | 解像度: 1.35→1.4 Å / Rmerge(I) obs: 0.288 / % possible all: 42.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2H6M 解像度: 1.35→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 1.979 / SU ML: 0.038 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.092 / ESU R Free: 0.071 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.008 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.35→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.35→1.385 Å / Total num. of bins used: 20
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